scikit-image 0.16.2 (2019-10-22)#

scikit-image v0.16.2 のリリースを発表できることを嬉しく思います！

scikit-image は、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、解析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムを含む SciPy 用の画像処理ツールボックスです。

これは、0.16.1 からのいくつかの重大な問題を解決するバグ修正リリースです。

バグ修正#

  • networkx 2.x に移行 (#4236, #4237)

  • 必要な numpy および dask を実行時バージョンに同期 (#4233, #4239)

  • structural_similarity での間違った引数解析を修正 (#4246, #4247)

  • rc 座標への変更後のアクティブ輪郭ギャラリーの例を修正 (#4257, #4262)

このリリースに追加された 4 人の著者 [ファーストネームまたはログイン名によるアルファベット順]#

  • François Boulogne

  • Jarrod Millman

  • Mark Harfouche

  • Ondrej Pesek

このリリースに追加された 6 人のレビューア [ファーストネームまたはログイン名によるアルファベット順]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Egor Panfilov

  • François Boulogne

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Mark Harfouche

  • Nelle Varoquaux

scikit-image 0.16.1 (2019-10-11)#

scikit-image v0.16.1 のリリースを発表できることを嬉しく思います！

scikit-image は、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、解析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムを含む SciPy 用の画像処理ツールボックスです。

詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください

https://scikit-image.dokyumento.jp

このリリース以降、scikit-image は最近導入された NumPy 非推奨ポリシー NEP 29 <https://github.com/numpy/numpy/blob/master/doc/neps/nep-0029-deprecation_policy.rst>__ に従います。したがって、scikit-image 0.16 では Python 3.5 のサポートが終了します。このリリースの scikit-image は、Python 3.6 および 3.7 を正式にサポートしています。

新しい機能の API を特定し、すべての API の変更点を把握するのに役立った Frappuccino を提供してくれた Matthias Bussonnier に感謝します。

新機能#

改善点#

  • RANSAC: 初期化のために選択された初期サンプルを設定するための新しいオプション (#2992)

  • skimage.transform.ProjectiveTransform のより良い repr および str (#3525, #3967)

  • skimage.segmentation.relabel_sequential に対するより良いエラーメッセージとデータ型安定性 (#3740)

  • いくつかの画像しきい値処理メソッドにおける dask 配列との互換性の向上 (#3823)

  • skimage.io.ImageCollection がパターンのリストを受け取ることができるようになりました (#3928)

  • skimage.feature.peak_local_max の高速化 (#3984)

  • skimage.color.label2rgb のキーワード引数 kind に不適切な値が指定された場合のより良いエラーメッセージ (#4055)

  • skimage.drawing のすべての関数がマルチチャンネル 2D 画像をサポートするようになりました (#4134)

API の変更#

  • 非推奨のサブパッケージ skimage.novice は削除されました。

  • skimage.transform.rescale、skimage.transform.pyramid_reduce、skimage.transform.pyramid_laplacian、skimage.transform.pyramid_gaussian、および skimage.transform.pyramid_expand において、multichannel パラメータのデフォルト値が False に設定されました。3D 配列の推測は行われなくなりました。

  • 非推奨の引数 visualise は skimage.feature.hog から削除されました。visualize を代わりに使用してください。

  • skimage.transform.seam_carve は、ライセンス制限のため、ライブラリから完全に削除されました。

  • パラメータ as_grey は、skimage.data.load および skimage.io.imread から削除されました。as_gray を代わりに使用してください。

  • パラメータ min_size は、skimage.morphology.remove_small_holes から削除されました。area_threshold を代わりに使用してください。

  • skimage.measure の非推奨の correct_mesh_orientation は削除されました。

  • skimage.measure._regionprops は完全に行-列座標を使用するように切り替えられました。古い x-y インターフェースは使用できなくなりました。

  • skimage.filters.median の behavior パラメータのデフォルト値が ndimage に設定されました。

  • skimage.io.imread のパラメータ flatten は、as_gray を優先して削除されました。

  • パラメータ Hxx, Hxy, Hyy が skimage.feature.corner.hessian_matrix_eigvals から削除され、代わりに H_elems が使用されるようになりました。

  • skimage.feature.hessian_matrix において、order パラメータのデフォルト値が rc に設定されました。

  • skimage.util.img_as_* 関数は、精度や損失に関する警告を表示しなくなりました。

バグ修正#

  • ORB の detect_and_extract における scales 属性のエラーを修正しました (#2835)。scales 属性がマスクを考慮しておらず、誤った配列サイズを使用していたためです。

  • 逆ラドン変換 (skimage.transform.irandon) のバイアスを修正しました (#3067)。参考文献に記載されている空間領域でのランプフィルタの式を使用することで修正されました。

  • 回転した画像が入力画像と異なるサイズになる原因となっていた丸め処理の問題を修正しました (skimage.transform.rotate) (#3173)

  • RANSAC は、ブートストラップではなく、元のデータのランダムなサブセットを使用するようになりました。(#3901, #3915)

  • Canny は、dtype に関係なく同じ出力を生成するようになりました。(#3919)

  • 幾何変換：ゼロ除算といくつかの縮退ケースを回避しました (#3926)

  • denoise_bilateral および denoise_tv_bregman における float32 のサポートを修正しました (#3936)

  • Meijering フィルターの計算を修正し、ZeroDivisionError を回避しました (#3957)

  • skimage.filters.threshold_li が定常点でスタックし、局所的な極小値または極大値に留まってしまうのを防ぐように修正しました (#3966)

  • すべての値が 0 の場合に、NaN の代わりに元の画像が返されるように skimage.exposure.rescale_intensity を編集しました (#4015)

  • skimage.morphology.medial_axis を修正しました。Cython における誤ったインデントが、関数が意図したとおりに動作しない原因となっていました。(#4060)

  • ガウシアンフィルターのパディングを修正することで、skimage.restoration.denoise_bilateral を修正しました(#4080)

  • 入力画像に NaN が含まれる場合の skimage.measure.find_contours を修正しました。NaN を含む輪郭は開いたままになります (#4150)

  • 3D 画像および異方性データに対する skimage.feature.blob_log と skimage.feature.blob_dog を修正しました (#4162)

  • skimage.exposure.adjust_gamma、skimage.exposure.adjust_log、および skimage.exposure.adjust_sigmoid に、1x1 の ndarray が与えられた場合に、単一の数値 float ではなく 1x1 の ndarray を返すように修正しました (#4169)

非推奨#

  • skimage.measure.convex_hull_object のパラメータ neighbors は connectivity に置き換えられ、バージョン 0.18.0 で削除される予定です。

  • 以下の関数は、skimage.metrics モジュールに置き換えられるため非推奨となりました (#4025)

    • skimage.measure.compare_mse

    • skimage.measure.compare_nrmse

    • skimage.measure.compare_psnr

    • skimage.measure.compare_ssim

  • 関数 skimage.color.guess_spatial_dimensions は非推奨となり、0.18 で削除されます (#4031)

  • skimage.segmentation.active_contour の引数 bc は非推奨となりました。

  • 関数 skimage.data.load は非推奨となり、0.18 で削除されます (#4061)

  • 関数 skimage.transform.match_histogram は skimage.exposure.match_histogram に置き換えられるため非推奨となりました (#4107)

  • skimage.morphology.convex_hull_object のパラメータ neighbors は非推奨です。

  • 関数 skimage.transform.randon_tranform は、0.18 でデフォルトで整数型の入力画像を float に変換します。現在の動作を維持するには、新しい引数 preserve_range を True に設定してください。(#4131)

ドキュメントの改善#

  • DOC: anti_aliasing_sigma パラメータに関する transform.resize のドキュメントを改善しました (#3911)

  • 染色分離参照の URL を修正しました (#3862)

  • ノイズ除去ガウシアンのドキュメントを修正しました (#3869)

  • DOC: 様々な機能強化（クロスリンク、ギャラリー、参照など）、主にコーナー検出 (#3996)

  • [DOC] inertia_tensor がドキュメントで nD になる可能性があることを明確にしました (#4013)

  • [DOC] テストおよびベンチマークの作成方法 (#4016)

  • CONTRIBUTING.txt のスペルチェック (#4008)

  • doc/examples/segmentation/plot_watershed.py のスペルチェック (#4009)

  • doc/examples/segmentation/plot_thresholding.py のスペルチェック (#4010)

  • skimage/morphology/binary.py のスペルチェック (#4011)

  • skimage/morphology/extrema.py のスペルチェック (#4012)

  • ダウンサンプリングローカル平均と N 次元画像に関するドキュメントを更新しました (#4079)

  • 0.15 リリースノートから凝った表現を削除しました (#3827)

  • ドキュメントのフォーマット/コンパイルの修正 (#3838)

  • INSTALL.txt の重複セクションを削除しました (#3876)

  • ENH: リッジ関数のドキュメント (#3933)

  • 閾値 Niblack の docstring を修正しました (#3917)

  • circle_perimeter_aa にドキュメントを追加しました (#4155)

  • 貢献ガイドの NumPy docstring 標準へのリンクを更新しました (replaces #4191) (#4192)

  • DOC: downscale_local_mean() の docstring を改善しました (#4180)

  • DOC: RANSAC ギャラリー例の結果表示を強化しました (#4109)

  • ギャラリー：可読性を向上させるために fstrings を使用しました (#4110)

  • MNT: 貢献ガイドの stacklevel パラメータをドキュメント化しました (#4066)

  • 軽微なタイプミスを修正しました (#3988)

  • MIN: Canny 関数における docstring の改善 (#3920)

  • #4150 の軽微な docstring 修正 (#4184)

  • compare_ssim の full パラメータの説明を修正しました (#3860)

  • Niblack docstring にブラッドリー閾値の等価性を記述しました (#3891)

  • 一貫性を保つため、サンプルコードに plt.show() を追加しました。(#3908)

  • CC0 はパブリックドメインと同等ではありません。馬の画像の注意書きを修正しました (#3931)

  • tutorial_parallelization.rst の joblib リンクを更新しました (#3943)

  • plot_edge_filter.py の参照を修正しました (#3946)

  • PaintTool の docstring に欠落していた引数を追加しました (#3970)

  • 方向フィルタに関するドキュメントとテストを改善しました (#3956)

  • skimage.filters.threshold_li の内部動作に関する新しい詳細な例を追加しました (#3966)

  • matplotlib: 例から interpolation=nearest, none を削除しました (#4002)

  • filters.rank.entropy および filters.rank.shannon_entropy docstring における wikipedia 参照の URL エンコーディングを修正しました (#4007)

  • 例における整数除算を修正しました (#4032)

  • インストールガイドへのリンクを更新しました (#4118)

  • ギャラリーのハフ線変換 (#4124)

  • 関数ドキュメント間の相互リンクが大幅に改善されました！ (#4188)

  • skimage.feature.corner_peaks の num_peaks のドキュメントを改善しました (#4195)

その他のプルリクエスト#

  • 露出モジュールのベンチマークスイートを追加しました (#3312)

  • skimage.util.img_as_ から精度と符号の損失に関する警告を削除しました (#3575)

  • SKIP を提案し、ミッション/ビジョン/価値観、ガバナンスを追加しました (#3585)

  • 利用可能な場合は、ユーザーがインストールした tifffile を使用するようにしました (#3650)

  • ベンチマークのピン留めを簡略化しました (#3711)

  • PyPI およびその他のサービス用に setup に project_urls を追加しました (#3834)

  • 0.16 リリースの非推奨に対処しました (#3841)

  • 0.16 の非推奨のフォローアップ (#3851)

  • Azure でドキュメントをビルドおよびテストしました (#3873)

  • 開発ドキュメントのフォーマットを修正するために、numpydoc を pre-0.8 にピン留めしました (#3893)

  • すべての HTTP リンクを HTTPS に変更しました (#3896)

  • OSX での余分な依存関係をスキップしました (#3898)

  • Sphinx 2.0.1 検索結果の場所を追加しました。テンプレートをクリーンアップしました (#3899)

  • Sphinx 2.0.1 + numpydoc 0.9 レンダリングされたドキュメントの CSS スタイルを修正しました (#3900)

  • Travis CI: sudo: タグは Travis で非推奨になりました (#4164)

  • MNT 0.16 リリースの準備 (#4204)

  • contributor_set に None が含まれる場合の generate_release_note を修正しました (#4205)

  • travis が trusty (16.04) ではなく Ubuntu xenial (14.04) を使用する必要があることを指定しました (#4082)

  • MNT: lab2xyz でスタックレベルを適切に設定しました (#4067)

  • MNT: フィルターリッジのスタックレベルを修正しました (#4068)

  • MNT: フィルターの閾値処理から未使用のインポート deprecated を削除しました (#4069)

  • MNT: io matplotlibプラグインでstacklevelを正しく設定 (#4070)

  • MNT: felzenszwalb_cythonでstacklevelを適切に設定 (#4071)

  • MNT: img_as_* (convert)でstacklevelを適切に設定 (#4072)

  • MNT: util.shapeでstacklevelを適切に設定 (#4073)

  • MNT: 余分なmatplotlibの警告を削除 (#4074)

  • viewerのテストにおける警告を抑制 (#4017)

  • measure.labelに関するテストスイートの警告を抑制 (#4018)

  • 型変換によるtest_rankの警告を抑制 (#4019)

  • imreadプラグインのテストのためのTODO項目を追加 (#3907)

  • sphinx gallery使用時のmatplotlib agg警告を削除 (#3897)

  • 0.14.4のリリースノートを前方移植 (#4137)

  • threshold_liにおける病的な配列のテストを追加 (#4143)

  • setup.py: NumPyがインストールされていない場合に正常に失敗する (#4181)

  • Python 3.5のサポートを終了 (#4102)

  • imageioリーダーがNumPy配列を返すように強制 (#3837)

  • SSH情報でGitHubに接続する問題を修正 (#3875)

  • skimage.measure.regionpropsのエラーメッセージを修正 (#3884)

  • skeletonizeとskeletonize 3DのAPIを統一 (#3904)

  • Sphinx 2.0.1の検索結果の場所を追加、テンプレートをクリーンアップ (#3910)

  • numpyのバージョンを前方固定 (#3925)

  • FITS読み込みにpyfitsをAstropyに置き換え (#3930)

  • 将来のdtype kwarg削除に関する警告を追加 (#3932)

  • MAINT: regionpropをクリーンアップし、travis配列にPYTHONOPTIMIZE=2を追加 (#3934)

  • filters.threshold_multiotsuの複雑さを増し、新しいテストを追加 (#3935)

  • 特定の画像プラグインにおけるdtype kwarg警告を修正 (#3948)

  • numpy logspaceで整数を整数として使用する前に浮動小数点数にキャストしない (#3949)

  • doctestで低コントラスト画像の保存を避ける (#3953)

  • MAINT: filters._gaussianから未使用の_convert_inputを削除 (#4001)

  • テストビルドでlinux上でソースからコンパイルできるように、imreadの最小バージョンを設定 (#3960)

  • data.loadおよびtestsuiteにおけるプラグインの利用をクリーンアップ (#3961)

  • pathlibと互換性があるように、imageioの最小バージョンを選択 (#3969)

  • テスト依存関係からpytest-faulthandlerを削除 (#3987)

  • CIにおけるtifffileと__array_function__の失敗を修正 (#3992)

  • MAINT: コード内でassertを使用せず、代わりに例外を発生させる (#4006)

  • パッケージャーが警告時の失敗を無効にできるようにする (#4021)

  • 閾値フィルターにおけるnumpy 117 rcとdaskを修正 (#4022)

  • プロパティがr,cに依存しない場合のr,c警告を抑制 (#4027)

  • 警告フィルターを削除し、r,cに関するドキュメントを修正 (#4028)

  • collections.abcからIterableをインポート (#4033)

  • vendored tifffileコードでcollections.abcからIterableをインポート (#4034)

  • #4025後のタイプミスの修正 (#4036)

  • assert_*という名前の内部関数をcheck_*に名前変更 (#4037)

  • インポート時間を改善 (#4039)

  • .meeseeksdev.ymlを削除 (#4045)

  • grid()に関するmplの非推奨を修正 (#4049)

  • #4025からの非推奨後のギャラリーを修正 (#4050)

  • mplの将来の非推奨normed -> densityを修正 (#4053)

  • hough_circleの例で円の周囲長にshape=を追加 (#4047)

  • 重要: メトリクス4025に関連するテストスイートの内部警告に対処 (#4063)

  • 内部warn関数に実際の関数ではなくfunctoolsを使用 (#4062)

  • rankがスレッドセーフな方法で警告を捕捉することをテスト (#4064)

  • ライブラリ全体でFFTの使用をより一貫性のあるものにする (#4084)

  • 領域プロパティのテストを修正 (#4099)

  • filtersの単一のバッククォートを二重のバッククォートに変換 (#4127)

  • ラドン変換モジュールをリファクタリング (#4136)

  • ベンチマークスイートでrgb2grayの壊れたインポートを修正 (#4176)

  • SKIPを使用したドキュメントビルドの問題を修正 (#4182)

  • いくつかの__future__インポートを削除 (#4198)

  • 非推奨のcoordinates引数をregionpropsに復元 (#4144)

  • threshold_multiotsuをリファクタリング/最適化 (#4167)

  • Python2固有のコードを削除 (#4170)

  • view_as_windowsが連続した配列が必要であると誤って想定 (#4171)

  • NamedTemporaryFileが失敗する場合を処理 (#4172)

  • SKIP1の誤った解決日を修正 (#4183)

  • 0.16前のAPI更新 (#4187)

  • float32 dtypeへの変換を修正 (#4193)

このリリースの貢献者#

  • Abhishek Arya

  • Alexandre de Siqueira

  • Alexis Mignon

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Bharat Raghunathan

  • Christian Clauss

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • David Haberthür

  • Dominik Kutra

  • Dominik Straub

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • Huang-Wei Chang

  • i3v (i3v)

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Kaligule (Kaligule)

  • kczimm (kczimm)

  • Lars Grueter

  • Shachar Ben Harim

  • Luis F. de Figueiredo

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Nelle Varoquaux

  • Ollin Boer Bohan

  • Patrick J Zager

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Srinath Kailasa

  • Stefan van der Walt

  • Stuart Berg

  • Uwe Schmidt

このリリースのレビュアー#

  • Alexandre de Siqueira

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • jrmarsha

  • Juan Nunez-Iglesias

  • kczimm

  • Lars Grueter

  • leGIT-bot

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Paul Müller

  • Phil Starkey

  • Ralf Gommers

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Sebastian Berg

  • Stefan van der Walt

  • Uwe Schmidt