scikit-image 0.19.3 (2022-06-12)#

scikit-image v0.19.3 のリリースを発表できて嬉しく思います!

scikit-image は SciPy 用の画像処理ツールボックスで、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、分析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムが含まれています。

詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください。

https://scikit-image.dokyumento.jp

修正されたバグ#

  • skimage.restoration.cycle_spin の v0.19.0 で導入された、デフォルトのマルチチャネル動作に対する意図しない変更を元に戻します (デフォルトは再びシングルチャネルになります)

  • hough_line_peaks での最適角度が 0 度の場合のコーナーケースを修正しました

  • 対数極変換による登録に関するギャラリーの例を修正しました

  • 最新の tifffile リリースとの互換性のためにテストスイートを更新します。

  • warp/rotate: cval が入力範囲にない場合のクリッピングに関するバグを修正しました

  • マルチチャネル整数値画像のヒストグラムビンの計算を修正しました

一般的なメンテナンス#

  • Matplotlib 3.5 で動作するように skimage.future.manual_polygon_segmentation を更新します。

  • imageio>=2.16.2 を使用した場合に警告を回避するように skimage.io.imread を更新します。

  • Pillow >= 9.1 (パレットに 256 個未満のエントリが含まれる場合があります) と互換性を持つようになりました。

  • NumPy 1.23 のサポートを追加しました

含まれるプルリクエスト#

  • ブランチ v0.19.x の PR #6306 をバックポート (「登録に極座標および対数極座標変換を使用する」のエラーの修正) (#6312)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6271 をバックポート (最適角度=0 のコーナーケースに対する hough_line_peaks の修正) (#6313)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6261 をバックポート (疎行列の非推奨警告を無視) (#6316)

  • バックポート PR 6328: 手動セグメンテーションにおける matplotlib の新しいバージョンでの問題を修正 (#6334)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6343 をバックポート (imageio からの v3 API への変更に関する警告を回避) (#6344)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6355 をバックポート (test_tifffile_kwarg_passthrough から非推奨の kwargs の使用を削除) (#6357)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6352 をバックポート (cycle_spin の channel_axis デフォルトを修正) (#6358)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6348 をバックポート (canny でマスクが None の場合にスムーズ化された画像計算を修正) (#6359)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6361 をバックポート (io 関数での Path オブジェクトのサポートを文書化) (#6363)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6400 をバックポート (NumPy 1.23 のサポートを追加) (#6403)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6335 をバックポート (warp/rotate: cval が入力範囲にない場合のクリッピングに関するバグを修正) (#6411)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6413 をバックポート (マルチチャネル整数値画像のヒストグラムビンの計算を修正) (#6414)

このリリースに追加された 10 人の作成者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Albert Y. Shih

  • Bartłomiej Śmietanka

  • Dave Mellert

  • Gregory Lee

  • Graham Inggs

  • Jarrod Millman

  • John Hagen

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

  • Stefan van der Walt

このリリースに追加された 7 人のレビュー担当者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Gregory Lee

  • Jarrod Millman

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Lars Grüter

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

scikit-image 0.19.2 (2021-02-17)#

scikit-image v0.19.2 のリリースを発表できて嬉しく思います! これは主にバグ修正リリースですが、哺乳類の細胞の核膜での蛍光検出に関連する新しいギャラリーの例が 1 つあります。

scikit-image は SciPy 用の画像処理ツールボックスで、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、分析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムが含まれています。

詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください。

https://scikit-image.dokyumento.jp

含まれるプルリクエスト#

  • バックポート中に発生した tests.yml の間違いを修正 (gh-6129)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6145 をバックポート (pyramid_gaussian および pyramid_laplace での channel_axis 処理を修正) (gh-6155)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6130 をバックポート (非推奨の Azure Windows 環境を更新) (gh-6131)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6148 をバックポート (n_iter_max を非推奨にします (max_num_iter である必要があります)) (gh-6156)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6152 をバックポート (ギャラリーデモ用に mybinder.org が使用する Python バージョンを指定) (gh-6157)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6139 をバックポート (phase_cross_correlation のタイプミスを修正) (gh-6158)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6133 をバックポート (ビューアーモジュールのユーザー警告メッセージを更新) (gh-6159)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6169 をバックポート (match_histograms の出力 dtype に対する意図しない変更を修正) (gh-6172)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6184 をバックポート (SIFT の間違ったオクターブインデックス + タイプミス) (gh-6186)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6191 をバックポート (issue6190 の修正 - pyramids.py の一貫性のないデフォルトパラメータ) (gh-6193)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6207 をバックポート (ProjectiveTransform.estimate が失敗した場合、常にパラメーターを NaN に設定) (gh-6210)

  • ブランチ v0.19.x の PR #5262 をバックポート (核膜での蛍光測定に関する教科書のようなチュートリアルを追加) (gh-6213)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6087 をバックポート (今後の科学チュートリアルで使用する 2 つのデータセットを追加) (gh-6215)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6214 をバックポート (NaN が存在する場合、EuclideanTransform.estimate は False を返す必要がある) (gh-6221)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6219 をバックポート (resize および resize_local_mean の output_shape 引数が任意の反復可能になるように許可) (gh-6222)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6223 をバックポート (テスト手順でファイル名を更新) (gh-6225)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6231 をバックポート (非推奨の scipy.ndimage.filters 名前空間からのインポート/参照を更新) (gh-6233)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6229 をバックポート (Appveyor での冗長なテストを削除) (gh-6234)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6183 をバックポート (デコレーターの警告 stacklevel を修正) (gh-6238)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6239 をバックポート (DOC: SciPy intersphinx を修正) (gh-6241)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6232 をバックポート (package_data を介して Cython ソースを含める) (gh-6244)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6227 をバックポート (マーチングキューブでの Z 法線の計算を修正) (gh-6245)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6242 をバックポート (enforce_connectivity=True および start_label > 0 を持つ SLIC スーパーピクセルでのバグを修正) (gh-6246)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6211 をバックポート (PiecewiseAffineTransform.estimate の戻り値は、基になる変換を反映する必要がある) gh-6247

  • ホイールビルドスクリプトで MacOS libomp のインストールを更新 (gh-6249)

このリリースに追加された 9 人の作成者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Chris Roat

  • Fabian Schneider

  • Gregory Lee

  • Hande Gözükan

  • Larry Bradley

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Miles Lucas

  • Riadh Fezzani

このリリースに追加された 8 人のレビュー担当者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Gregory Lee

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

  • Robert Haase

  • Stefan van der Walt

scikit-image 0.19.1 (2021-12-03)#

scikit-image v0.19.1 のリリースを発表できて嬉しく思います!

これは、いくつかの後方互換性の問題と PyPI のホイールに関するいくつかの問題を解決する、小さなバグ修正リリースです。具体的には、PyPI の Apple M1 (arm64) 用の MacOS ホイールが 0.19.0 で壊れていましたが、現在では修復されているはずです。 arm64 ホイールは MacOS >= 12 のみ用です。ホイールサイズも、バイナリからデバッグシンボルを削除し、Cython で生成されたソースファイルがホイールにバンドルされないようにすることで、0.19.0 に比べて大幅に削減されています。

含まれるプルリクエスト#

  • ブランチ v0.19.x の PR #6089 をバックポート (フェッチされたデータを必要とするテストをスキップ) (gh-6115)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6097 をバックポート (skimage.data で非アンダースコア関数を復元) (gh-6099)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6095 をバックポート (変換関数での channel_axis パラメーターの後方互換性を維持) (gh-6100)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6103 をバックポート (アーキテクチャ間でランクフィルターテストの比較を堅牢にする) (gh-6106)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6105 をバックポート (test_ransac_geometric で ransac に特定の random_state を渡す) (gh-6107)

  • ホイールビルドスクリプトの 2 つの等価比較バグを修正 (gh-6098)

  • gh-6109 のバックポート (ホイールビルド中にデバッグシンボルを削除するためのリンカーフラグを追加) (gh-6110)

  • 計画されている distutils API の変更で中断しないように、v0.19.x で setuptools の最大値を固定 (gh-6112)

  • rgb2gray の潜在的な循環インポートを回避 (gh-6113)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6089 をバックポート (フェッチされたデータを必要とするテストをスキップ) (gh-6115)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6118 をバックポート (tests.yml の修正と予期される警告の修正) (gh-6127)

  • ブランチ v0.19.x の PR #6114 をバックポート (テスト条件を緩和して、CI の負荷の変動に対してより堅牢にする) (gh-6128)

このリリースに追加された 3 人の作成者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Gregory R. Lee

  • Joshua Newton

  • Mark Harfouche

このリリースに追加された 5 人のレビュー担当者 [名前またはログイン順にアルファベット順]#

  • Gregory R. Lee

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Stefan van der Walt

scikit-image 0.19.0 (2021-12-03)#

scikit-image v0.19.0 のリリースを発表できて嬉しく思います!

scikit-image は SciPy 用の画像処理ツールボックスで、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、分析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムが含まれています。

詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください。

https://scikit-image.dokyumento.jp

このリリースのハイライトは、人気のあるスケール不変特徴変換 (SIFT) 特徴検出器と記述子の追加です。このリリースでは、知覚ぼかしメトリック、新しいピクセルグラフアルゴリズムも導入され、ほとんどの関数は、単精度入力が提供されると単精度で動作するようになりました。他の多くのバグ修正、機能強化、パフォーマンスの向上が以下に詳述されています。

このリリースの重要な変更点は、マルチチャネル画像の扱い方です。関数の既存の multichannel 引数は非推奨となり、新しい channel_axis 引数が採用されました。 channel_axis は、配列のどの軸にチャネル情報が含まれているかを指定するために使用できます(channel_axis=None はグレースケール画像を示します)。

scikit-image は "遅延読み込み" を使用するようになりました。これにより、ユーザーはすべてのサブモジュールをすぐにインポートするオーバーヘッドなしに、すべての skimage サブモジュールから関数にアクセスできます。具体的な例として、"import skimage" を呼び出した後、ユーザーは skimage.transform.warp などの関数を直接呼び出すことができます。以前は、最初に "import skimage.transform" を行う必要がありました。

開発面でのエキサイティングな変更点として、コンパイル済みコードの生成にCythonの代替としてPythranのサポートが導入されました。今後もCythonのサポートは継続する予定ですので、開発者は必要に応じてどちらか一方を自由に利用できます。Pythranにご興味のある方は、SciPy 2021のプレゼンテーション「Building SciPy Kernels with Pythran」（https://www.youtube.com/watch?v=6a9D9WL6ZjQ）で概要が紹介されています。

このリリースでは、Python 3.7～3.10をサポートします。Apple M1アーキテクチャ（arm64）のサポートが今回のリリースで新たに導入されました。macOS 12のホイールは、Python 3.8～3.10向けに提供されます。

新機能#

  • 任意の配列軸に沿って配置されたチャネルを持つ画像を処理するためのサポートが追加されました。これは、チャネルが画像の最後の軸であることが必須だった以前のリリースとは対照的です。新しいchannel_axis引数の詳細については、リリースノートのAPIセクションを参照してください。

  • 知覚的なぼかしのノーリファレンス尺度（skimage.measure.blur_effect）が追加されました。

  • 非局所平均（skimage.restoration.denoise_nl_means）は、fast_mode=Trueの場合、3Dマルチチャネル、4D、および4Dマルチチャネルデータをサポートするようになりました。

  • n次元フーリエ領域バターワースフィルター（skimage.filters.butterworth）が追加されました。

  • 色変換関数には、配列のどの軸がチャネルに対応するかを指定できる新しいchannel_axisキーワード引数が追加されました。下位互換性のため、このパラメーターはデフォルトでchannel_axis=-1に設定されており、チャネルが最後の軸に沿って配置されることを示します。

  • morphology.medial_axisとrestoration.unsupervised_wienerに、新しいキーワード専用パラメーターrandom_stateが追加されました。

  • 乱数ジェネレーターのシード設定は、基盤となるジェネレーターがnumpy.random.Generatorを使用するように更新されたため、以前とは異なる結果になります。

  • skimage.color.label2rgbにsaturationパラメーターが追加されました。

  • 正規化相互情報量メトリックskimage.metrics.normalized_mutual_informationが追加されました。

  • threshold_localがn次元入力と異方性block_sizeをサポートするようになりました。

  • ポイントにラベルを割り当てるための新しいskimage.util.label_points関数。

  • いくつかの幾何変換クラスにnDサポートが追加されました。

  • ハウスドルフ距離で分離された点を見つけるためのskimage.metrics.hausdorff_pairが追加されました。

  • 追加の色空間illuminantsおよびobserversパラメーターオプションが、skimage.color.lab2rgb、skimage.color.rgb2lab、skimage.color.xyz2lab、skimage.color.lab2xyz、skimage.color.xyz2luv、およびskimage.color.luv2xyzに追加されました。

  • skimage.filters.threshold_multiotsuに、ユーザーが提供するヒストグラムを使用できるようにする新しいhistキーワード引数が追加されました。（gh-5543）

  • skimage.restoration.denoise_bilateralは、負の値を含む画像のサポートを追加しました。（gh-5527）

  • skimage.feature関数のblob_dog、blob_doh、およびblob_logは、絶対的なしきい値ではなく、相対的なしきい値（範囲[0, 1]）を指定するために使用できるthreshold_relキーワード引数をサポートするようになりました。（gh-5517）

  • 遅延サブモジュールインポートを実装しました。（gh-5101）

  • 幾何変換行列の加重推定を実装しました。（gh-5601）

  • skimage.graphに新しいピクセルグラフアルゴリズムを追加しました。pixel_graphは、隣接関係に応じてピクセルのグラフ（ネットワーク）を生成し、central_pixelは、ピクセルの測地線中心を見つけます。（gh-5602）

  • scikit-imageは、コントリビュートされたコードでのPythranの使用をサポートするようになりました。（gh-3226）

ドキュメント#

  • 3D生物医学イメージングの例を紹介する新しいドキュメントチュートリアルがギャラリーに追加されました（gh-4946）。技術的な内容は、Genevieve Buckley、Kevin Mader、およびVolker Hilsensteinとの会話から得られました。

  • 3D構造テンソルの新しいギャラリー例。

  • 3Dデータセットを表示する新しいギャラリー例。

  • ECGデータ（1D）を使用した拡張ローリングボールの例。

  • 染色分解のギャラリー例が修正され、染色が適切に分離されるようになりました。

  • ギャラリーの例を送信する方法に関するドキュメントが、コントリビューションノートに追加されました。

  • 形態学のドキュメントストリングを自動フォーマットします。

  • CLIでスクリプトを実行している場合でも、ギャラリーの例からplotlyの図を表示します。

  • レビュープロセスでドキュメントのみのPRを単独で表示します。

  • matplotlibの無限axlineを使用して、ハフ変換を説明します。

  • 「shape」に関するディスクドキュメントの矛盾点を明確にします。

  • ドキュメント：簡単なタイプミスを修正、conversions -> conversions。

  • 例のlinspaceを修正します。

  • ハフ線変換コードと例のマイナーな修正。

  • いくつかの例で、表示された画像の範囲に1/2ピクセルの境界を追加しました。

  • githubのリリースステップをRELEASE.txtに追加します。

  • threshold_localドキュメントのopencvへの参照を削除します。

  • 構造テンソルのドキュメントストリングを更新して、軸ごとのシグマを含めます。

  • _shared/utils.pyドキュメントのタイプミスを修正します。

  • 免疫組織化学画像を使用した例を校正し、相互リンクします。

  • スペル修正：witch -> which。

  • ラドン変換の可能なフィルターについて言及 -> フィルター処理されたバックプロジェクション

  • 流域のドキュメントのdtype情報を修正します。

  • ラドン変換のギャラリー例を校正します。

  • Cannyの例でノイズの内部関数を使用してコードを明確にします。

  • フィルターの「参照」セクションをより包括的にします。

  • 誤解を招く可能性があるlatestではなく、リリースノートのバージョンを指定します。

  • plot_thresholding.pyの例で誤解を招くコメントを削除します。

  • 最新のsphinxバージョンで検索エンジンが機能するようにsphinxレイアウトを修正します。

  • RAGの例でノードIDを描画します。

  • denoise_bilateralのsigma_colorの説明を更新します。

  • intersphinxフォールバックインベントリを更新し、matplotlibフォールバックインベントリを追加します。

  • plot_local_equalize.pyでnumpyの非推奨を修正します。

  • ドキュメントのリンクの問題を回避するために、plot_regionprops.pyのlabel変数の名前を変更します。

  • ImageViewer、CollectionViewerの重複するAPIドキュメントを回避します。

  • gaussianドキュメントの「blog_dog」のタイプミスを修正します。

  • adjust_sigmoid関数の参照リンクドキュメントを更新します。

  • TrainableSegmenterでのmultiscale_basic_featuresへの参照を修正します。

  • 2D配列を指定するためのわずかなshape_indexドキュメントストリングの修正。

  • ステッチングギャラリーの例を追加します（gh-5365）

  • SKIP3のドラフトを追加：scikit-image 1.0への移行（gh-5475）

  • コントリビューションガイドラインでコミットメッセージについて言及します。（gh-5504）

  • ブロブ検出関数のドキュメントストリングを修正し、標準化します。（gh-5547）

  • multichannelではなくchannel_axisの使用を反映するように、ユーザーガイドを更新します。（gh-5554）

  • マルチチャネルではなくchannel_axisを使用するようにユーザーガイドを更新します（gh-5556）

  • 参照ドキュメントの場所へのハイパーリンクを追加します。（gh-5560）

  • poochリポジトリの場所を変更するように、ブランチ指示を更新します。（gh-5565）

  • CascadeクラスのドキュメントストリングにNotes and Referencesセクションを追加します。（gh-5568）

  • skimage.feature.cornerドキュメントストリングで2D対nDを明確にします（gh-5569）

  • plot_swirl.pyの例で数式を修正します。（gh-5574）

  • テクスチャ特徴検出器のドキュメントストリングで参照を更新します（gh-5578）

  • メーリングリストの場所をdiscuss.scientific-python.orgフォーラムに更新します（gh-5951）

  • DOC：rescale_intensity（）のドキュメントストリングを修正します（gh-5964）

  • slicドキュメントを修正します（gh-5975）

  • dilationのドキュメントストリングを更新します。これは現在nDです。（gh-5978）

  • ステッチングギャラリーの例のサムネイルを変更します（gh-5985）

  • glossary.mdに円とディスクを追加します（gh-5590）

  • ピクセルグラフの例を更新します（gh-5991）

  • glossary.mdで同じ説明を持つエントリを分離します（gh-5592）

  • ディレクティブ名の前にスペースを使用しないでください（gh-6002）

改善点#

  • ライブラリ全体で、さらに多くの関数が単精度（float32）をサポートするようになりました。

  • 双調和内挿法（skimage.restoration.inpaint_biharmonic）がリファクタリングされ、以前よりも桁違いに高速になりました。

  • skimage.util.random_noiseを使用したソルトアンドペッパーノイズの生成が高速になりました。

  • マスクがユーザーによって提供される場合、SLICスーパーピクセルアルゴリズム（skimage.segmentation.slice）のパフォーマンスが向上しました（gh-4903）。マスクされたSLICによって生成される特定のスーパーピクセルは、以前のリリースで生成されたものとは同一ではありません。

  • exposure.adjust_gammaは、LUTのおかげでuint8画像に対して高速化されました（gh-4966）。

  • measure.labelは、このケースにscipy.ndimageの実装を使用することで、ブール入力画像に対して高速化されました（gh-4945）。

  • util.apply_parallelがマルチチャネルデータを処理できるようになりました（gh-4927）。

  • skimage.feature.peak_local_maxは、任意のミンコフスキー距離をサポートするようになりました。

  • skimage.filters.correlate_sparseの高速な非Cython実装。

  • 効率のために、ヒストグラムはskimage.filters.try_all_threshold内で事前に計算されるようになりました。

  • 有限のnum_peaksが与えられた場合の、より高速なskimage.filters.find_local_max。

  • skimage.filters.rankモジュールのすべてのフィルターは、GILを解放するようになり、マルチスレッドでの使用が可能になりました。

  • skimage.restoration.denoise_tv_bregmanとskimage.restoration.denoise_bilateralがGILを解放するようになり、マルチスレッドでの使用が可能になりました。

  • skimage.color.label2rgbのパフォーマンスの低下に対処しました。

  • CircleModel.estimateの数値精度を向上させます。（gh-5190）

  • skimage.restoration.denoise_tv_bregman、skimage.measure.block_reduce、およびskimage.filters.threshold_localにデフォルトのキーワード引数の値を追加します。（gh-5454）

  • matplotlibをオプションの依存関係にします（gh-5990）

  • skimage.filtersでの単精度サポート（gh-5354）

  • label2rgbでnD画像とラベルをサポートします（gh-5550）

  • Regionpropsテーブルのパフォーマンス改善 (gh-5576)

  • regionpropsのベンチマークスクリプトを追加 (gh-5579)

  • greycomatrix & greycoprops から apply_along_axes の使用を削除 (gh-5580)

  • 効率化のため gabor_kernel をリファクタリング (gh-5582)

  • skimage.filters から channel_as_last_axis デコレータの必要性を削除 (gh-5584)

  • scipy.ndimage.gaussian_filter の使用を skimage.filters.gaussian に置き換え (gh-5872)

  • quickshift に channel_axis 引数を追加 (gh-5987)

  • MacOS arm64 wheels を追加 (gh-6068)

APIの変更#

  • multichannel ブール引数が非推奨になりました。マルチチャンネルをサポートするすべての関数は、チャンネルに対応する軸を指定するために整数 channel_axis を使用するようになりました。channel_axis を None に設定すると、画像がグレースケールであることを示します。具体的には、multichannel=True を使用した既存のコードは、channel_axis=-1 を使用するように更新し、multichannel=False を使用したコードは、channel_axis=None を指定する必要があります。

  • 入力が float32 dtype の場合、ほとんどの関数は float32 画像を返すようになりました。

  • measure.find_contours にデフォルト値が追加されました。これは、画像の最小値と最大値の間の距離の半分に対応します (gh-4862)。

  • data.cat が、より記述的な名前として data.chelsea のエイリアスとして導入されました。

  • measure.find_contours の level パラメータは、キーワード引数になり、デフォルト値は (max(image) - min(image)) / 2 に設定されました。

  • ミンコフスキー距離のサポートを追加するために、skimage.feature.peak_local_max に p_norm 引数が追加されました。

  • skimage.transforms.integral_image は、デフォルトで浮動小数点入力を（精度を高めるために）倍精度に昇格するようになりました。必要に応じてこの動作をオーバーライドするために、新しい dtype キーワード引数を使用できます。

  • カラー変換関数に、新しい channel_axis キーワード引数が追加されました（新機能のセクションを参照）。

  • SLICスーパーピクセルセグメンテーションの出力は、[0, 1]の範囲に既にスケーリングされていないデータの場合、以前のバージョンと異なる場合があります。compactnessパラメータが入力画像のスケーリングに依存しない効果を持つように、入力の[0, 1]への自動内部リスケーリングが行われるようになりました。

  • skimage.register.phase_cross_correlation 内で適用される位相正規化のバグ修正により、以前のリリースと比較して異なる結果になる可能性があります。「正規化されていない」相互相関の以前の動作は、normalization=None を明示的に設定することで引き続き利用できます。異なるアルゴリズムを使用するマスクされた相互相関の場合、変更はありません。

バグ修正#

  • skimage.feature.peak_local_max での入力 labels 引数のリナンバリングが回避されました (gh-5047)。

  • アンチエイリアスが適用された場合に resize でクリップバグを修正 (gh-5202)

  • find_bounaries を mode='subpixel' で使用した場合、画像エッジの非ゼロ値が誤って境界としてマークされなくなりました (gh-5447)。

  • _label2rgb_avg 関数の戻り値の dtype を修正。

  • skimage.color.separate_stains が負の値を返さないようにします。

  • EllipseModel での整数オーバーフローを防止。

  • Hough線形変換のピクセルビンにおけるオフバイワンエラーを修正、skimage.transform.hough_line。

  • skimage.filters.gaussian で1D配列を適切に処理。

  • skimage.segmentation.random_walker でのラプラシアン行列サイズのバグを修正。

  • Regionpropsテーブル（skimage.measure.regionprops_table）の dtype のバグを修正。

  • 小さいスケールファクタを使用した場合の skimage.transform.rescale を修正。

  • skimage.measure.label のセグメンテーションエラーを修正。

  • Watershed（skimage.segmentation.watershed）：マーカーを計算するときに接続性を考慮。

  • order=0の場合の skimage.transform.warp の出力 dtype を修正。

  • regionpropsでのマルチチャンネル intensity_image extra_properties を修正。

  • 画像が小さすぎる場合の skimage.metric.structural_similarity のエラーメッセージを修正。

  • skimage.segmentation.find_boundaries の「サブピクセル」モードで画像エッジをマークしないようにします。

  • ブール入力に対する skimage.exposure.is_low_contrast の動作を修正。

  • skimage.metric.structural_similarity の ValueError の文字列引数の誤った構文を修正。

  • skimage.filters.threshold_otsu での NaN の問題を修正。

  • skimage.feature.blob_dog のドキュメント文字列の例と正規化を修正。

  • skimage.exposure.adjust_gamma での uint8 オーバーフローを修正。

  • データ取得に pooch 1.5.0 を使用 (gh-5529)。

  • skimage.graph.MCP の offsets 属性が公開されました (gh-5547)。

  • pathlib.Path 入力での io.imread の動作を修正 (gh-5543)

  • Pooch からの scikit-image インポートを pooch >= 1.5.0 と互換性を持たせます (gh-5529)。

  • いくつかの壊れた doctest を修正し、GitHub Actions での doctesting を復元しました (gh-5505)。

  • skimage.exposure.histogram および skimage.measure.regionprops_table の壊れた doctest を修正しました (gh-5522)。

  • SLICスーパーピクセルセグメンテーション中に画像を一貫してリスケールします (gh-5518)。

  • skimage.register.phase_cross_correlation の位相相関を修正しました (gh-5461)。

  • skimage.graph.MCP の非表示属性 ‘offsets’ を修正 (gh-5551)

  • 参照マスクを使用した 3D の phase_cross_correlation を修正 (gh-5559)

  • ピークが見つからない場合の blob_log および blob_dog の戻り値の形状を修正 (gh-5567)

  • 輪郭キーエラーの発見を修正 (gh-5577)

  • measure.ransac をリファクタリングし、推定されたモデルが無効な場合に警告を追加 (gh-5583)

  • エッジフィルタの整数画像リスケーリングを復元 (gh-5589)

  • trainable_segmentation: エラーが発生した場合に再発生 (gh-5600)

  • 非推奨のプロパティ名で regionprops_table を呼び出すことを許可 (gh-5908)

  • 非ローカル平均の高速モードでの重み計算を修正 (gh-5923)

  • #5948 の修正: equalize_adapthist での kernel_size の下限を 1 に設定 (gh-5949)

  • imsave で pathlib.Path を str に変換 (gh-5971)

  • slic 間隔を修正 (gh-5974)

  • richardson_lucy でのゼロ除算を回避するために、小さな正則化を追加 (gh-5976)

  • ベンチマークスイートを修正（watershed関数が移動しました）(gh-5982)

  • QhullError をキャッチして空の配列を返す（convex_hull）(gh-6008)

  • 新しく非推奨になったすべての regionprops 名にプロパティゲッターを追加 (gh-6000)

  • 3Dの場合の楕円体軸長の推定を修正 (gh-6013)

  • ピークローカル最大値のセグメンテーションエラーを修正 (gh-6035)

  • EAGER_IMPORT=1 の場合に循環インポートエラーを回避 (gh-6042)

  • 非推奨の distutils パッケージの使用をすべて削除 (gh-6044)

非推奨#

以前のリリースからの完了した非推奨#

  • measure.label で、非推奨の neighbors パラメータが削除されました（代わりに connectivity を使用）。

  • 非推奨の skimage.color.rgb2grey および skimage.color.grey2rgb 関数が削除されました（代わりに skimage.color.rgb2gray および skimage.color.gray2rgb を使用）。

  • skimage.color.rgb2gray は、グレースケールまたは RGBA 入力を許可しなくなりました。

  • 非推奨の skimage.color.gray2rgb の alpha パラメータが削除されました。RGBA への変換には skimage.color.gray2rgba を使用します。

  • order > 0 を使用してブール画像をワープしようとすると、ValueError が発生するようになりました。

  • ブール画像をワープまたはリスケールする場合、anti-aliasing=True を設定すると、ValueError が発生します。

  • skimage.color.label2rgb の bg_label パラメータは 0 になりました。

  • 非推奨の skimage.transform.iradon の filter パラメータが削除されました（代わりに filter_name を使用）。

  • 非推奨の skimage.draw.circle 関数が削除されました（代わりに skimage.draw.disk を使用）。

  • 非推奨の skimage.feature.register_translation 関数が削除されました（代わりに skimage.registration.phase_cross_correlation を使用）。

  • 非推奨のskimage.feature.masked_register_translation関数が削除されました（代わりにskimage.registration.phase_cross_correlationを使用してください）。

  • 非推奨のskimage.measure.marching_cubes_classic関数が削除されました（代わりにskimage.measure.marching_cubesを使用してください）。

  • 非推奨のskimage.measure.marching_cubes_lewiner関数が削除されました（代わりにskimage.measure.marching_cubesを使用してください）。

  • 非推奨のskimage.segmentation.circle_level_set関数が削除されました（代わりにskimage.segmentation.disk_level_setを使用してください）。

  • skimage.morphology.flood_fillの非推奨のinplaceパラメータ

  • 非推奨のskimage.util.pad関数が削除されました（代わりにnumpy.padを使用してください）。が削除されました（代わりにin_placeを使用してください）。

  • skimage.filters.hessianのデフォルトのmodeが'reflect'になりました。

  • skimage.filters.satoのデフォルトの境界modeが'reflect'になりました。

  • skimage.measure.profile_lineのデフォルトの境界modeが'reflect'になりました。

  • skimage.restoration.denoise_nl_meansのpreserve_rangeのデフォルト値がFalseになりました。

  • skimage.segmentation.slicのstart_labelのデフォルト値が1になりました。

新たに導入された非推奨:#

  • multichannel引数はライブラリ全体で非推奨となり、1.0で削除されます。代わりに新しいchannel_axis引数を使用する必要があります。multichannel=Trueを使用している既存のコードは、channel_axis=-1を使用するように更新する必要があり、multichannel=Falseを使用しているコードは、channel_axis=Noneを指定する必要があります。

  • skimage.feature.greycomatrixおよびskimage.feature.greycopropsは、skimage.feature.graycomatrixおよびskimage.feature.graycopropsに置き換えられ、非推奨になりました。

  • skimage.morphology.greyモジュールはskimage.morphology.grayに名前が変更されました。古い名前は非推奨です。

  • skimage.morphology.greyreconstructモジュールはskimage.morphology.grayreconstructに名前が変更されました。古い名前は非推奨です。

  • 反復回数に関連する非推奨の引数名を持つ関数については、「APIの変更」セクションを参照してください。num_iterationsとmax_num_iterがライブラリ全体で使用されるようになりました。

  • ライブラリ全体でのselem引数の非推奨化に関する「APIの変更」セクションを参照してください。代わりにfootprintを使用してください。

  • skimage.morphology.remove_small_objects、skimage.morphology.remove_small_holes、およびskimage.segmentation.clear_borderにおいて、明示的なout引数を使用することを推奨し、in_placeを非推奨にします。

  • skimage.measure.labelのinput引数はlabel_imageに名前が変更されました。古い名前は非推奨です。

  • 反復回数を記述するパラメータにはnum_iter、反復制限を指定するパラメータにはmax_num_iterで標準化します。古い引数名が非推奨になった関数は次のとおりです。

    skimage.filters.threshold_minimum
skimage.morphology.thin
skimage.restoration.denoise_tv_bregman
skimage.restoration.richardson_lucy
skimage.segmentation.active_contour
skimage.segmentation.chan_vese
skimage.segmentation.morphological_chan_vese
skimage.segmentation.morphological_geodesic_active_contour
skimage.segmentation.slic

  • skimage.measure.regionpropsのいくつかのパラメータの名前が更新され、プロパティが名前の最初の単語（複数可）でより適切にグループ化されるようになりました。古い名前は後方互換性のために引き続き機能します。更新された具体的な名前は次のとおりです。

    ============================ ============================
Old Name                     New Name
============================ ============================
max_intensity                intensity_max
mean_intensity               intensity_mean
min_intensity                intensity_min

bbox_area                    area_bbox
convex_area                  area_convex
filled_area                  area_filled

convex_image                 image_convex
filled_image                 image_filled
intensity_image              image_intensity

local_centroid               centroid_local
weighted_centroid            centroid_weighted
weighted_local_centroid      centroid_weighted_local

major_axis_length            axis_major_length
minor_axis_length            axis_minor_length

weighted_moments             moments_weighted
weighted_moments_central     moments_weighted_central
weighted_moments_hu          moments_weighted_hu
weighted_moments_normalized  moments_weighted_normalized

equivalent_diameter          equivalent_diameter_area
============================ ============================

  • ライブラリ全体でselem引数がfootprintに名前が変更されました。selem引数は現在非推奨です。

開発プロセス#

  • SKIMAGE_TEST_STRICT_WARNINGS_GLOBAL環境変数を介して、捕捉されなかった警告でエラーを発生させるためのテストのセットアップおよびティアダウン関数が追加されました。

  • リリースプロセスの自動化を強化します。

  • ソースよりも先にホイールをリリースします。

  • サポートされるMatplotlib、NumPy、SciPy、およびPillowの最小バージョンを更新します。

  • pillowを!=8.3.0に固定します。

  • 全体を通してmasterをmainに名前変更します。

  • README.txtに後続のインポートのための書き込み権限があることを確認します。

  • 単一スレッドで顔分類ギャラリーのサンプルを実行します。

  • Azureでpipとskimage.dataのキャッシュを有効にします。

  • CircleCIとAzure CIのキャッシュを修正します。

  • Cythonの警告に対処します。

  • Azureで実行する場合、plotly.io.showへの呼び出しを無効にします。

  • レガシーのTravis-CIスクリプトを削除し、それに応じて貢献者ドキュメントを更新します。

  • cibuildwheelの冗長性を向上させます。

  • 開発環境のインストール中にpipを更新します。

  • ベンチマークチェックをCIに追加します。

  • CIでの確率的ランクフィルターのテスト失敗を解決します。

  • README.txtに後続のインポートのための書き込み権限があることを確認します。

  • キーワード引数multichannelとchannel_axis間の移行を支援するためのデコレーター。

  • lch2labドキュメントのサンプルで欠落していたインポートを追加します（gh-5998）

  • setuptoolsからbuild_pyおよびsdistをインポートすることを優先します（gh-6007）

  • skimage.testユーティリティを再導入します（gh-5909）

その他の更新#

  • np.random.xをnp.random.Generatorを使用するようにリファクタリングします。

  • 非推奨のscipy.linalg.pinv2の使用に関する警告を回避します。

  • 新しいSciPy 1.6ズームオプションを使用して、サイズ変更の実装を簡略化します。

  • test_unsharp_mask.pyで重複するテスト関数名を修正します。

  • ベンチマーク：fix ResizeLocalMeanSuite.time_resize_local_mean署名。

  • テストで新しいスタイルのNumPyランダムAPIの使用を優先します（gh-5450）

  • test_simpleitk.pyでSimpleITK I/Oを強制するフィクスチャを追加します（gh-5526）

  • MNT：skimageデータから未使用のstatインポートを削除します（gh-5566）

  • MAINT：未使用のインポートを削除します（gh-5595）

  • MAINT：重複するテストをリファクタリングし、不要な割り当てと変数を削除します（gh-5596）

  • 廃止された遅延インポートを削除します（gh-5992）

  • data_dirをトップレベルの名前空間に遅延ロードします（gh-5996）

  • scipyの要件を1.4.1に更新し、scipy.fftpackの代わりにscipy.fftを使用します（gh-5999）

  • Requiresメタデータを生成する行を削除します（gh-6017）

  • Python 3.10を含めるようにホイールビルドを更新します（gh-6021）

  • Python 3.10およびApple arm64を処理するようにpyproject.tomlを更新します（gh-6022）

  • GitHub ActionsおよびAppveyorでpython 3.10テスト実行を追加します（gh-6027）

  • 新しいsphinx-galleryリリースが利用可能になるまで、sphinxを<4.3に固定します（gh-6029）

  • cibuildwheelでi686テストの失敗を引き起こすいくつかの等価性テストを緩和します（gh-6031）

  • 「import skimage」中のmatplotlibインポートのオーバーヘッドを回避します（gh-6032）

  • sphinxギャラリーのピンを更新します（gh-6034）

このリリースへの貢献者#

このリリースに追加された80人の作成者[ファーストネームまたはログインでアルファベット順]#

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  • andrewnags (andrewnags)

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  • BMaster123 (BMaster123)

  • Boaz Mohar

  • Bozhidar Karaargirov

  • Carlos Andrés Álvarez Restrepo

  • Christoph Gohlke

  • Christoph Sommer

  • Clement Ng

  • cmarasinou

  • Cris Luengo

  • David Manthey

  • Devanshu Shah

  • Dhiraj Kumar Sah

  • divyank agarwal

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Erik Reed

  • erykoff (erykoff)

  • Fabian Schneider

  • Felipe Gutierrez-Barragan

  • François Boulogne

  • Fred Bunt

  • Fukai Yohsuke

  • Gregory R. Lee

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  • Harish Venkataraman

  • Harshit Dixit

  • Ian Hunt-Isaak

  • Jaime Rodríguez-Guerra

  • Jan-Hendrik Müller

  • Janakarajan Natarajan

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  • john lee

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  • Joseph Fox-Rabinovitz

  • Juan Antonio Barragan Noguera

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Julien Jerphanion

  • Jurneo

  • klaussfreire (klaussfreire)

  • Larkinnjm1 (Larkinnjm1)

  • Lars Grüter

  • Mads Dyrmann

  • Marianne Corvellec

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  • R

  • Raphael

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