scikit-image 0.23.2 (2024年4月20日)#

scikit-image 0.23.2 のリリースを発表できることを嬉しく思います!

バグ修正#

  • skimage.util.img_as_ubyte が、提供された画像の dtype('uint64').typenp.uint64 ではなく np.ulonglong であるというエッジケースに対応するようにしました (#7392)。

ドキュメント#

  • 0.23.1 リリースノートに日付を追加しました (#7384)。

  • skimage.segmentation.watershedconnectivity パラメーターのdocstringを修正しました (#7360)。

インフラストラクチャ#

  • ピクル化できないキャッシュに関するSphinxの警告を無視するようにしました (#7400)。

  • PRテンプレートの変更リストに関する手順を簡素化しました (#7401)。

メンテナンス#

  • 非推奨となった numpy.infty の代わりに numpy.inf を使用しました (#7386)。

  • Ruffの設定を更新しました (#7387)。

  • Azureパイプラインの設定の行列と名前を更新しました (#7390)。

  • upload-およびdownload-artifact v4を使用しました (#7389)。

  • テストにおけるastypeに由来するアーキテクチャ固有のキャスト警告を無視するようにしました (#7393)。

  • numpydoc example.pyへのリンクを更新しました (#7395)。

貢献者#

このリリースには4人の作者が追加されました(アルファベット順)

このリリースには4人のレビュアーが追加されました(アルファベット順)

これらのリストは自動生成されるため、完全ではない場合や重複が含まれる場合があります。

scikit-image 0.23.1 (2024年4月10日)#

scikit-image 0.23.1 のリリースを発表できることを嬉しく思います!

注記

CIシステムの問題により、scikit-image 0.23.0はリリースされませんでした。このリリースは、CIの修正とバージョン番号を除いて、0.23.0と同じです。

ハイライト#

  • skimage.morphology.closingskimage.morphology.opening が、フットプリントが鏡面対称でない場合でも、それぞれ拡張的および反拡張的であることを保証しました (#6695)。

  • skimage.morphologyerosiondilationopeningclosingwhite_tophatblack_tophat にパラメーター modecval を追加しました。これらの新しいパラメーターは、配列の境界の処理方法を決定します (#6695)。

  • skimage.morphologybinary_erosionbinary_dilationbinary_openingbinary_closing にパラメーター mode を追加しました。これらの新しいパラメーターは、配列の境界の処理方法を決定します (#6695)。

  • Cythonのprangeによる並列化によりskimage.util.map_arrayの速度を向上させました (#7266)。

新機能#

  • 領域内の強度の標準偏差を計算する skimage.measure.regionprops に新しい intensity_std プロパティを追加しました (#6712)。

  • skimage.morphologyerosiondilationopeningclosingwhite_tophatblack_tophat にパラメーター modecval を追加しました。これらの新しいパラメーターは、配列の境界の処理方法を決定します (#6695)。

  • skimage.morphologybinary_erosionbinary_dilationbinary_openingbinary_closing にパラメーター mode を追加しました。これらの新しいパラメーターは、配列の境界の処理方法を決定します (#6695)。

  • skimage.morphology に新しい関数 mirror_footprintpad_footprint を追加しました (#6695)。

  • 異方性画像をサポートするために、segmentation.expand_labels に新しいパラメーター spacing を追加しました (#7080)。

APIの変更#

  • Python 3.9のサポートを終了しました (#7217)。

  • skimage.morphology.erosionskimage.morphology.dilation のパラメーター shift_xshift_y は非推奨となりました。代わりに pad_footprint を使用するか、フットプリントを手動で変更してください (#6695)。

  • 非バイナリ入力画像に対してskimage.morphology.skeletonize_3dにおける予期しない値のスケーリングを削除しました。skeletonize_3d は、同様の関数と同様に、常にバイナリ配列を返すようになりました (#7095)。

  • skimage.feature.plot_matchesskimage.feature.plot_matched_features に置き換えることを推奨します (#7255)。

  • skimage.morphology.skeletonize_3dskimage.morphology.skeletonize に置き換えることを推奨します (#7094)。

  • skimage.filters.gaussian のパラメーター output は非推奨となりました。代わりに out を使用してください (#7225)。

  • skimage.filters.rank 関数のパラメータshift_xshift_yshift_zのデフォルト値をFalseから0に変更しました。結果への影響はありません。ブールシフトが提供された場合は、警告を表示するようになりました (#7320)。

パフォーマンス#

  • skimage.metrics モジュールに遅延読み込みを追加しました (#7211)。

  • Cythonのprangeによる並列化によりskimage.util.map_arrayの速度を向上させました (#7266)。

バグ修正#

  • skimage.feature.hog で、指定されたパラメーターに対して画像が小さすぎる場合に予期しない結果を防ぐために例外を追加しました (#7153)。

  • skimage.morphology.closingskimage.morphology.opening が、フットプリントが鏡面対称でない場合でも、それぞれ拡張的および反拡張的であることを保証しました (#6695)。

  • リアルタイムのシフトを決定できない場合(disambiguate=True)、skimage.registration.phase_cross_correlation で発生するTypeErrorを回避します。代わりに警告を表示します (#7259)。

  • パラメーターedge_functionmaskなしで提供された場合にTypeErrorを発生させていたskimage.graph.pixel_graphのロジックを修正しました (#7310)。

  • skimage.measure.regionpropscache=Falseを渡した場合、キャッシュが空のままになるようにしました (#7333)。

ドキュメント#

  • 開発環境の更新手順を更新しました (#7160)。

  • RAGギャラリーのサンプルの見出しをより明確にしました (#7202)。

  • skimage.graph モジュールにdocstringを追加しました(#7192)。

  • docstringにおける配列次元の表記を統一しました(#3031)。

  • watershedのdocstringにデフォルトのマーカーを指定しました(#7154)。

  • キーボードアクセシビリティを向上させるため、HTMLドキュメントが左右の矢印キーを傍受するのを停止しました(#7226)。

  • 厳格なsphinxのための参照フォーマットを修正しました(#7228)。

  • 画像のためのNumPyに関する集中講義で、xarray.DataArraypandas.DataFrameなどの他の配列ライクなオブジェクトの扱い方を記述しました(#7159)。

  • ユーザーガイドにおける関数呼び出しと構文の問題を修正しました(#7234)。

  • skimage.transform.swirlのdocstringにおけるデフォルトモードを修正しました(#7241)。

  • moments_normalizedにおけるspacingパラメーターに関する不足していたドキュメントを追加しました(#7248)。

  • hough_ellipse変換のdocstringと例を更新しました(#6893)。

  • バインダータグ/ブランチを、ドキュメント/リリースに対応するコミットにポイントするように変更しました(#7252)。

  • FundamentalMatrixTransformクラスに例を追加しました(#6863)。

  • インストール手順に、Matplotlibのオプション依存関係が提供する機能の説明を追加しました(#7286)。

  • skimage.registration.optical_flow_tvl1のdocstringにおけるタイトネスの記号を正しいθに変更しました(#7314)。

  • パラメーターcvalの説明を「intまたはfloat」に変更しました。cvalは文字列ではなく数値です(#7319)。

  • 変更のドキュメント化に関する時代遅れで重複した指示を削除しました(#7321)。

  • dtがtau(つまり、時間ステップ)に対応することを明確にするコメントを追加しました。登録モジュール全体で「gray scale」を「grayscale」に変更しました(#7324)。

  • SECURITY.mdを作成しました(#7230)。

  • skimage.segmentation.active_contourのdocstringの例から、非推奨のパラメーターcoordinatesを削除しました(#7329)。

  • リリースノートの見出しに日付を含めました(#7269)。

  • リリースノートへのプルリクエストのドキュメント化方法の説明を更新しました(#7267)。

  • skimage.metrics.structural_similaritydata_rangeパラメーターの説明を明確化しました(#7345)。

  • 長いギャラリーの例とデモ(doc/examples/applications)で、オブジェクト指向のMatplotlibスタイルを使用しました(#7346)。

  • 人間の細胞(分裂期)のセグメンテーションに関するギャラリーの例で、watershedのバシンマーカーを生成する際に境界線を含めました(#7362)。

  • skimage.transform.EuclideanTransformのdocstringに欠けていたマイナス記号を追加しました(#7097)。

インフラストラクチャ#

  • 古いbotに関する表現を更新し、コアチームが失敗したと仮定しました(#7196)。

  • Python 3.9の廃止に伴い、Azureジョブ名を更新しました(#7218)。

  • 夜間のホイールビルドを、あまり使用されていない時間にスケジュールしました(#7254)。

  • ナイトリーNumPy 2.0を使用してナイトリーホイールをビルドしました(#7251)。

  • 従来のpytest-doctestの代わりにpytest-doctestplusを使用しました(#7289)。

  • 依存関係の安定性のため、そしてAnaconda Cloudアップロードのバグ修正を利用するために、scientific-python/upload-nightly-actionをv0.5.0に更新しました(#7325)。

  • キャプチャされた警告のスタックレベルをチェックするためのassert_stacklevelヘルパーを追加しました(#7294)。

  • 変更リストの貢献者リストからpre-commit[bot]を除外しました(#7358)。

メンテナンス#

  • version_switcher.jsonにおける時代遅れで重複した「preferred」フィールドを削除しました(#7184)。

  • spinを0.7にアップグレードしました(#7168)。

  • 型の比較をやめ、isinstanceを使用しました(#7186)。

  • [pre-commit.ci] pre-commitを自動更新しました(#7181)。

  • 32ビットフロートのモーメントテストの許容範囲を拡大しました(#7188)。

  • CIが修正されるまで、Cythonを<3.0.3に一時的に固定しました(#7189)。

  • 時代遅れのmesonの指示を削除しました(#7193)。

  • CIが修正されるまで、Cythonを<3.0.3に一時的に固定しました(その2)(#7201)。

  • chocolateyを修正しました(#7200)。

  • imageioとの非互換性が修正されるまで、Pillowを<10.1.0に固定しました(#7208)。

  • Blackを使用しました(#7197)。

  • 以前のBlackを含まないマージの後、_hog.pyにBlackを適用しました(#7215)。

  • Cython 3.0.4のリリース後、Cythonの固定を解除しました(#7214)。

  • [pre-commit.ci] pre-commitを自動更新しました(#7236)。

  • Python 3.12のクリーンアップを行いました(#7173)。

  • Python 3.12をデフォルトのCI Pythonにしました(#7244)。

  • Cython 3.0の警告に対処するために、明示的なnoexceptを追加しました(#7250)。

  • Pillowとの非互換性を修正するために、imageioを更新しました(#7245)。

  • docker/setup-qemu-actionをv3にアップグレードしました(#7134)。

  • SciPy 1.12.0rc1における非推奨に関するwarningfilterを修正しました(#7275)。

  • SPEC 0に従って、numpy>=1.23とmatplotlib>=3.6に更新しました(#7284)。

  • 新しいdeprecate_parameterヘルパーを追加しました(#7256)。

  • mesonとCythonを更新しました(#7283)。

  • skimage.registration.phase_cross_correlationにおける空の画像の浮動小数点警告を処理しました(#7287)。

  • spin (0.8)を更新しました(#7285)。

  • 0.23リリースのためにスケジュールされていた非推奨を完了しました。現在使用されていないdeprecate_kwargremove_argを削除しました。これらはdeprecate_parameterによって完全に置き換えられました(#7290)。

  • セキュリティのベストプラクティスとして、タグ付きリリースに対応する既知のコミットシャからscientific-python/upload-nightly-action GitHub Actionを使用します。これらはDependabotによって自動的に更新できます(#7306)。

  • pre-commitsリポジトリを更新しました(#7303)。

  • テストスイートは、numpydocをインストールせずに実行できるようになりました(#7307)。

  • Pydataテーマからの並列書き込み警告を処理しました(#7311)。

  • NumPy 2.0でナイトリーホイールビルドをテストしました(#7288)。

  • _optical_flow_utilsの関数がプライベートであることを明確にしました(#7328)。

  • 依存関係を更新しました(spec 0)(#7335)。

  • NumPy 1と2との互換性のためのフォローアップのクリーンアップと修正を行いました(#7326)。

  • test_fits.pyで無視されたティアダウンをautouseフィクスチャに置き換えました(#7340)。

  • NumPy 2のnp.solveにおける新しいコピーセマンティクスとブロードキャストに対応しました(#7341)。

  • Sphinxギャラリーによる実行時間の表を無視しました(#7327)。

  • ピアソンテストに非常に小さな浮動小数点許容範囲を許可しました(#7356)。

  • numpydocをバージョン1.7に更新しました(#7355)。

  • [pre-commit.ci] pre-commitを自動更新しました(#7365)。

  • テストスイートの警告フィルターを簡素化しました(#7349)。

  • NumPy >=2.0.0rc1に対してビルドしました(#7367)。

  • ensure_python_version関数を削除しました(#7370)。

  • GitHub Actionsをsetup-python@v5cache@v4upload-artifact@v4、およびdownload-artifact@v4に更新しました(#7368)。

  • lazyloaderをv0.4に更新しました(#7373)。

貢献者#

このリリースにはアルファベット順に29名の作者が参加しました。

このリリースにはアルファベット順に21名のレビューアーが参加しました。

これらのリストは自動生成されるため、完全ではない場合や重複が含まれる場合があります。