scikit-image 0.13.1 (2017-09-27)#
scikit-image 0.13.1 はバグ修正と互換性に関するアップデートです。0.13.0 の多くの新機能については以下を参照してください。
0.13.1 の主な貢献は、scikit-image が NetworkX 1.11 と 2.0 の両方で動作するようにするための Jarrod Millman の勇敢な取り組みです (#2766)。追加のアップデートには以下が含まれます。
GitHub ユーザー @zhongzyd による、類似変換推定のバグ修正 (#2690)
Gregory Lee による、
skimage.util.plot_matches
およびdenoise_wavelet
のバグ修正 (#2650, #2640)Egor Panfilov (#2716) と Jirka Borovec (#2524) によるドキュメントの更新
Gregory Lee (#2666, #2731)、Nelle Varoquaux (#2722)、Stéfan van der Walt (#2723, #2810) によるドキュメントのビルド修正
scikit-image 0.13.0 (2017-03-29)#
scikit-image v0.13.0 のリリースを(ついに)発表できてうれしいです!
scikit-image は、セグメンテーション、幾何変換、カラースペース操作、分析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムを含む SciPy のための画像処理ツールボックスです。
詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください。
https://scikit-image.dokyumento.jp
および例のギャラリー
https://scikit-image.dokyumento.jp/docs/dev/auto_examples/
ハイライト#
このリリースは、82 人の貢献者による 200 件以上のプルリクエストを含む、1 年間の作業の結果です。ハイライトには以下が含まれます。
改善された n 次元画像サポート。このリリースでは、nD サポートが次に追加されています。
重心の
regionprops
計算 (#2083)segmentation.clear_border
(#2087)ヘッセ行列 (#2194)
さらに、次の新しい関数は nD 画像をサポートします。
新しいウェーブレットノイズ除去関数、
restoration.denoise_wavelet
(#1833, #2190, #2238, #2240, #2241, #2242, #2462)新しいしきい値関数、
filters.threshold_sauvola
およびfilters.threshold_niblack
(#2266, #2441)新しい局所最大値、局所最小値、hmaxima、hminima 関数 (#2449)
グレーレベル共起行列 (GLCM) が uint16 画像で動作するようになりました
さまざまなしきい値処理方法の出力を迅速に確認するための
filters.try_all_threshold
Frangi およびヘッセフィルター (2D のみ) (#2153)
segmentation.watershed
の新しい *コンパクトウォーターシェッド* アルゴリズム (#2211)feature.shape_index
の新しい *形状インデックス* アルゴリズム (#2312)
新しい関数と機能#
しきい値最小アルゴリズムを追加 (#2104)
平均および三角しきい値を実装 (#2126)
Frangi およびヘッセフィルターを追加 (#2153)
領域プロパティに bbox_area を追加 (#2187)
colorconv: rgba2rgb() を追加 (#2181)
Lewiner マーチングキューブアルゴリズム (#2052)
画像反転 (#2199)
ウェーブレットノイズ除去 (from #1833) (#2190)
画像からノイズ標準偏差を推定するルーチン (#1837)
コンパクトウォーターシェッドを追加し、既存のウォーターシェッドをクリーンアップ (#2211)
欠落していた「grey2rgb」関数を追加しました。(#2316)
形状インデックス (#2312)
基本的および必須の行列 8 点アルゴリズム (#1357)
YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr カラースペースを追加
モルフォロジーからの局所極値の検出 (#2449)
シャノンエントロピー (#2416)
ドキュメントの改善#
コントリビューティングページに github SSH キーに関する詳細を追加 (#2073)
felzenszwalb 画像セグメンテーションの例を追加 (#2096)
例ギャラリー用の Sphinx ギャラリー (#2078)
改善された領域境界 RAG ドキュメント (#2106)
ギャラリー: Lucy-Richardson デコンボリューションアルゴリズムを追加 (#2376)
ギャラリー: 凸包を説明するために馬を使用 (#2431)
ユーザーガイドに OpenCV の操作を追加 (#2519)
コードの改善#
テストスイートから lena 画像を削除 (#1985)
skimage.feature.match_template での重複した平均計算を削除 (#1980)
clear_border に nD サポートを追加 (#2087)
共起行列に uint16 画像サポートを追加 (#2095)
ガウスフィルターおよびメディアンフィルターのデフォルトパラメーターを追加 (#2151)
最適なしきい値アルゴリズムを選択するための try_all (#2110)
Felzenszwalb セグメンテーションでのマルチチャネルのサポートを追加 (#2134)
改善された SimilarityTransform、新しい EuclideanTransform クラス (#2044)
ENH: ヘッセ行列計算の高速化 (#2194)
denoise_wavelet に n 次元サポートを追加 (#2242)
inpaint_biharmonic
の高速化 (#2234)順序 kwarg を含めるようにヘッセ行列コードを更新 (#2327)
入力ラベルが負および/または非連続の場合の label2rgb のケースを処理 (#2370)
watershed_line パラメータを追加 (#2393)
API の変更#
非推奨の
filter
モジュールを削除します。代わりにfilters
を使用してください。(#2023)skimage.filters.canny
リンクを削除します。代わりにfeature.canny
を使用してください。(#2024)Python 2.6 のサポートと関連チェックを削除しました (#2033)
非推奨の {h/v}sobel、{h/v}prewitt、{h/v}scharr、roberts_{positive/negative} フィルターを削除 (#2159)
非推奨の
_mode_deprecations
を削除 (#2156)rescale_intensity
での非推奨の None デフォルトを削除 (#2161)パラメーター
ntiles_x
およびntiles_y
がexposure.equalize_adapthist
から削除されました最小 NumPy バージョンは 1.11 に、最小 SciPy バージョンは 0.17 になりました
非推奨#
clip_negative はバージョン 0.15 でデフォルトで false に設定されます (関数: dtype_limits) (#2228)
「dynamic_range」を「data_range」に優先して非推奨 (#2384)
radon
およびiradon
変換に対するcircle
引数のデフォルト値は、0.15 でTrue
になります (#2235)denoise_bilateral
およびdenoise_nl_means
のmultichannel
のデフォルト値は、0.15 でFalse
になりますfeature.hog
のblock_norm
のデフォルト値は、0.15 で L2-Hysteresis になります。threshold_adaptive
関数は非推奨です。代わりにthreshold_local
を使用してください。transform.swirl
、resize
、およびrescale
のmode
のデフォルト値は、0.15 で「reflect」になります。
このリリースへの貢献者#
AbdealiJK
ロドリゴ・ベンソン
ヴィグネッシュ・ビロドカー
イルカ・ボロベック
フランソワ・ブローニュ
マシュー・ブレット
サルワット・ファティマ
レイチェル・フィンク
ジョー・フューレル
ジェローン・ファン・ゴーイ
クリストフ・ゴルケ
ロマン・ゴロヴァノフ
エマニュエル・グイヤール
アンシタ・グプタ
デイビッド・ハーバーチュール
ジェフ・ヘンメルガルン
ヒヨリミ
ダニエル・ハイアムズ
アレックス・イズボルスキー
カイル・ジャクソン
イルカ
ジョニーテウトニック
ケビン・ケラウドレン
アルマー・クライン
小林優
小泉守義
ラクラン
ラクランD
ジョージ・ローラン
グレゴリー・R・リー
エヴァン・リマント
ベン・ロンゴ
ビクター・マーティン
オリバー・マーダー
松井健一
ジェレミー・メッツ
ジェイソン・モリーナ
マイケル・ミューラー
ファン・ヌーニェス・イグレシアス
エゴール・パンフィロフ
ポール
パンチェンアイ
フランシスコ・デ・ラ・ペーニャ
パブリン・ポリカー
オリオン・ポプラウスキー
ゾーイ・リチャーズ
トッド・V・ロビト
クリスチャン・サックス
サニヤ
ヨハネス・シェンバーガー
パベル・シェフチュク
スコット・シーバート
スティーブン・シルベスター
ショーン・シン
ソウラフ・シン
アレクサンドル・フィオラバンテ・デ・シケイラ
サミュエル・サンジャン
ノア・スティアー
オレ・ストライカー
マーティン・トーマ
マテイ・ティッチ
ビラージ
ステファン・ファン・デル・ワルト
ジョシュ・ワーナー
オリビア・ウィルソン
ロビン・ウィルソン
マーティン・ザックリソン
ユエ・ジェン
ニック・ゾグブ
アレクサンドレジャガー
アルマー
チェスピーネル
ダニエルバラン
ドメセジョ
エリ
jウィッテンバッハ
レジョージ
mljli
rjeli
skrish13
tセクラウディア
ウォルター
このリリースにマージされたプルリクエスト#
ユーザーが古い Cython バージョンでビルドしようとすると警告 (#1986)
テストスイートから lena 画像を削除 (#1985)
モジュール init に inpaint を追加 (#1987)
テンプレート平均を事前に計算 (#1980)
rgb2grey -> grey2rgb (#1989)
rgb2gray を rgb2grey として公開 (#1990)
クリーン時にすべての .md5 ファイルを削除 (#1992)
multichannel=True で compute_ssim を呼び出すときに非推奨の警告を回避 (#1994)
DOC: compute_ssim エラーで multichannel=True を推奨 (#1999)
[DOC] ガイドへのリンクを追加 (#2001)
CONTRIBUTING の docs–>doc を修正 (#2009)
dask
をオプションの依存関係にする (#2013)mpl 警告をキャッチするための正しい正規表現 (#2014)
BUILD: Travis pip インストールに –pre フラグを使用。(#1938)
Github テンプレート (#1954)
PaintTool にドキュメントを追加 (#1934)
skimage.segmentation.quickshift シグネチャが API ドキュメントから欠落 (#2017)
MAINT: tifffile をアップグレード (#2016)
auto_example ファイルを正しく無視するように .gitignore を変更 (#1966)
MAINT: CI ビルドで coveralls -> codecov に切り替え (#2015)
skimage.segmentation.quickshift シグネチャが API ドキュメントから欠落、3 回目の試み (#2021)
MAINT: 非推奨の
filter
モジュールを削除 (#2023)skimage.filters.canny
へのリンクを削除 (#2024)regionprops の bbox プロパティをドキュメント化 (#2030)
texturematch の論文への URL を修正 (#2031)
skimage.segmentation.active_contour の入力引数の dtype サポートを改善 (#2032)
ローカルテスト関数を修正 (#2034)
Python 2.6 のサポートと関連チェックを削除しました (#2033)
OSX でテストを実施 (#2038)
カバレッジバッジを codecov に変更 (#2055)
TST: 双方向フィルターのテストを高速化 (#2061)
colorconv._convert を高速化 (#2064)
FIX: qt_plugin での 'warn' のインポートを修正 (#2070)
YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr カラースペースを追加
貢献ページに GitHub SSH キーの詳細を追加 (#2073)
ENH: RANSAC に np.random.RandomState を渡すように変更 (#2072)
tifffile で IO オブジェクトを処理 (#2046)
重心計算で座標を使用するように更新 - 3D で機能 (#2083)
[WIP] Region Boundary RAG の階層的マージ (#2058)
clear_border に nD サポートを追加 (#2087)
DOC: 新しい API に合わせて更新 (軽微) (#2090)
felzenszwalb 画像セグメンテーションの例を追加 (#2096)
DOC: 変数定義の列の前にスペースを追加 (軽微…) (#2102)
DOC: 新規コントリビューターを SSH ではなく HTTPS に誘導 (#2082)
François Boulogne を mailmap に追加 (#2117)
skimage.filters.rank の説明と TODO を README からドキュメント文字列に移動 (#2115)
大津の二値化に関するエラーとドキュメントを修正 (#2118)
scuinto の 2 番目のメールアドレスを mailmap に追加 (#2122)
MAINT: label および regionprops 関数周辺の整理 (#2100)
しきい値最小アルゴリズムを追加 (#2104)
例ギャラリー用の Sphinx ギャラリー (#2078)
DOC: ギャラリーのタイトルを短縮 (#2128)
DOC: リストで軸をリファクタリング (#2129)
DOC ENH + ハフ変換の API 修正 (#2089)
サンプルスクリプトのインデントを修正 (#2136)
平均および三角しきい値を実装 (#2126)
skimage.measure.label
の参照をドキュメント文字列に移動 (#2143)古い GraphicsGems リンクを修正 (#2149)
ドキュメント文字列を修正 (#2145)
共起行列に uint16 画像サポートを追加 (#2095)
非推奨の {h/v}sobel, {h/v}prewitt, {h/v}scharr, roberts_{positive/negative} フィルタを削除 (#2159)
非推奨の
_mode_deprecations
を削除 (#2156)デフォルトパラメータの設定 (#2151)
ENH: 最適な閾値アルゴリズムを選択する try_all と DOC のリファクタリング (#2110)
BUGFIX: inverse_map が None にならないように修正 (#2160)
felzenszwalb のグレースケール版をマルチチャネル版に切り替え (#2134)
greycomatrix の記述、スタイル、PEP8 の修正 (#2157)
Frangi およびヘッセフィルターを追加 (#2153)
改善された SimilarityTransform、新しい EuclideanTransform クラス (#2044)
color.colorconv: rgb2gray() のドキュメントを修正 (#2169)
segmentation.felzenszwalb
の領域マージを修正 (#2164)rescale_intensity
での非推奨の None デフォルトを削除 (#2161)DOC: template_match に注記を追加 (#2176)
numpy_images.rst の章タイトルの書式設定を追加 (#2177)
非整数画像で機能するように threshold_triangle を修正 (#2171)
改善された領域境界 RAG ドキュメント (#2106)
ENH: 領域プロパティに bbox_area を追加 (#2187)
colorconv: rgba2rgb() を追加 (#2181)
DOC: 参照に DOI を追加 (#2188)
try_all_threshold からローカル閾値を削除 (#2180)
DOC: 警告処理に関する注記を追加 (#2198)
ENH: ヘッセ行列計算の高速化 (#2194)
データと馬の画像を二値化するためのユニットテストを追加 (#2196)
ssim のサンプルを修正 (#2208)
[MRG] MAINT: gaussian_filter を filters.gaussian に置き換え (#2210)
[MRG] DOC: mssim のドキュメント文字列が float を返すように修正 (#2218)
FEAT: Lewiner の marching cubes アルゴリズム (#2052)
塩胡椒ノイズのバグを修正 (#2223)
TST: AppVeyor を Conda を使用するように更新し、msvc_runtime を追加 (#2217)
キャプションのドキュメント文字列を改善 (#2185)
Wikipedia のタスク更新バージョンを追加 (#2230)
NEW + DOC: 画像反転 (#2199)
ENH: ウェーブレットノイズ除去を実装 (#1833) (#2190)
TEST: setup() でシードを定義 / ランダムテストの失敗を修正 (#2227)
denoise_wavelet に n 次元サポートを追加 (#2242)
API: clip_negative はバージョン 0.15 でデフォルトで false に設定される (func: dtype_limits) (#2228)
inpaint_biharmonic
の高速化 (#2234)MAINT dtype.py (PEP8) (#2231)
未使用の extend_image を削除 (#2251)
ENH: 画像からノイズの標準偏差を推定するルーチン (#1837)
sphinx のビルドを単一プロセスに制限。vendored の numpydoc を削除 (#2257)
threshold_otsu の警告でより具体的な画像形状チェックを追加 (#2259)
numpy がインストールされていなくても
setup.py egg_info
を実行できるように変更 (#2260)コンパクトウォーターシェッドを追加し、既存のウォーターシェッドをクリーンアップ (#2211)
numpy.pad を直接使用し、util.pad の出荷コードをほとんど削除 (#2265)
DOC: 参照を修正 (#2262)
DOC: ギャラリーの小さな修正 (#2226)
DOC: タイプミスを修正 (#2274)
Manifest.in を更新 (#2255)
境界のない相関のバグ修正 - テンプレートマッチングに対する Dhyam の修正 (#2263)
DOC: ギャラリーの骨格化のサンプルをリファクタリング (#2141)
[MRG+1] skimage.data.* の画像ドキュメント文字列にメタデータを挿入 (#2236)
MAINT: Radon (ドキュメント文字列、API、PEP8) (#2235)
[MRG+2] MAINT: NumPy の非推奨を修正 (#2283)
プロット周辺の空白を削減 (#2144)
[MRG+1] デフォルトでは、clear_border はインプレースではない (#2285)
transform.{pyx/pxd}
の未使用のインポートを削除 (#2288)[MRG+1] コミュニティガイドラインをドキュメントナビゲーションに追加 (#2287)
IHC に色を追加 (#2279)
FIX: ラベルが指定されている場合は num_peaks を選択 (#2098)
[MRG+1] felzenszwalb の形状検証を追加 (#2286)
[MRG+1] _wavelet_threshold で BayesShrink 論文により近いものを実装 (#2241)
subplots_adjust
の使用を削除 (#2289)[MRG+1] ドキュメントページのファビコンを変更 (#2291)
[MRG+1] TST: assert の代わりに numpy.testing の
assert_
を優先 (#2298)TSTFIX: scipy の開発バージョン用のバグ修正 (#2302)
compare_ssim
ドキュメント文字列を強化 (#2314)欠落していた「grey2rgb」関数を追加しました。(#2316)
PEP8 (#2304)
パブリック Cython 関数用の Python ラッパーを作成 (#2303)
メーリングリストの場所を更新 (#2328)
形状指標 (#2312)
DEPENDS.txt に pywavelets を実行時要件として追加 (#2238)
skimage.draw
の変数名をリファクタリング (#2321)エラーメッセージの出力時の表示問題を修正 (#2326)
threshold_li でゼロ画像に対するキャッチを追加 (#2338)
FIX: peak_local_max が relabel_sequential を使用するように変更 (#2341)
_static のファビコンを更新 (#2355)
rgb2hsv と h... のドキュメント文字列で誤った入力型仮定を削除 (#2354)
transform.swirl のデフォルトの境界モードを更新 (#2331)
imread() のドキュメントを更新 (#2358)
random_walker() で有効なモードをチェック (#2362)
nose/travis によって実行されない _shared での 1 つの壊れたテストを修正 (#2229)
順序 kwarg を含めるようにヘッセ行列コードを更新 (#2327)
sk... のドキュメントで beta1 と beta2 パラメータの目的を明確化 (#2382)
入力ラベルが負および/または非連続の場合の label2rgb のケースを処理 (#2370)
exposure.equalize_adapthist
の引数とドキュメント文字列を更新 (#2220)ユーザーガイドの (x, y) 原点の説明を修正 (#2385)
show_rag メソッドのドキュメント文字列を更新 (#2375)
エラーメッセージの出力時の表示問題を修正 (#2372)
_shared.utils.py に空の配列のチェックを追加 (#2364)
ピークなし blob log を修正 (#2349)
ENH: draw.ellipse に orientation kwarg を拡張 (#2366)
基本的および必須の行列 8 点アルゴリズム (#1357)
travis notes への参照を修正 (#2403)
travis でエラーとして扱われる警告を引き起こす sphinx での非推奨オプションを修正 (#2395)
Travis スクリプトを更新 (#2374)
freeimage プラグインを削除 (#1933)
ヒストグラムの形状タイプを修正 (#2417)
rgb2lab および lab2rgb 関数に illuminant および observer パラメータを追加 (#2306)
PEP8 (#2413)
MAINT: dtype のリストをマージ (#2420)
(部分的に)
pep8
準拠に変更 (#2392)plot_brief.py のサンプルをより明確にするためにタイトルとテキストを追加 (#2193)
DOC: 標準光源への参照を追加 (#2418)
plot_censure.py のサンプルを新参者が理解しやすくするために、サブプロットにタイトルとテキストを追加 (#2191)
「dynamic_range」を「data_range」に優先して非推奨 (#2384)
PR 2266 を n 次元対応にする (#4)
Guo および Hall 1989 に基づく新しい「薄い」メソッドを追加 (#2294)
ローカル閾値 Niblack Sauvola (Jeysonmc PR より) (#2266)
安定した楕円フィッティング (#2394)
ギャラリー: Lucy-Richardson デコンボリューションアルゴリズムを追加 (#2376)
コメントと StackOverflow に従って SIFT ローダーのドキュメント文字列を改善 (#2404)
検索インデックスの JavaScript による読み込みに変更 (Julian Taylor によるパッチ) (#2438)
連結成分のセグメンテーション違反を修正 (Yaroslav Halchenko によるパッチ) (#2437)
util/dtype.py
をリファクタリング (#2425)ENH: ギャラリー、さまざまな小さなスタイリッシュな修正 (DFT サンプル) (#2430)
peak_local_max が常にソートされたインデックスを返すように変更 (#2435)
probabilistic_hough_line() のコメントを修正 (#2448)
watershed_line パラメータを追加 (#2393)
ガウス値の範囲を解決 #2383 (#2388)
ギャラリー: 凸包を説明するために馬を使用 (#2431)
MRG: Python 3.6 のビルドマトリックスを更新 (#2451)
YCbCr 色空間でのウェーブレットノイズ除去 (#2240)
ギャラリー: コインにグレースケール cmap を使用 (#2459)
Sauvola および Niblack の閾値処理のバグを修正 (#2441)
MAINT: _wavelet_threshold ドキュメント文字列を削除 (#2460)
BUG: 奇数長の入力に対する denoise_wavelet を修正 (#2462)
MAINT: denoise_{bilateral, nl_means} での新しいマルチチャネルデフォルトについて警告 (#2467)
ノイズ除去に関するギャラリーでのさまざまな機能強化 (#2461)
sdist の完全性をチェックするツール (#2085)
異なる
skimage.hog
ブロックの正規化メソッドを追加 (#2040)DOC: タイプミスを修正し、参照を追加 (#2478)
sphinx ギャラリーを 0.1.8 に更新 (#2474)
DOC: ガウスフィルターのドキュメント文字列のタイプミスを修正 (#2487)
threshold_local を追加し、古い threshold_adaptive API を非推奨にする (#2490)
resize および rescale のデフォルトのエッジモードを変更 (#2484)
dask[array]
をオプションの要件に追加 (#2494)DOC: CONTRIBUTING.txt に指示を追加 & Windows 用の git インストールリンクを更新 (#2495)
ENH: hough_peak 関数を一般化 (#2109)
ギャラリーのサンプルを修正 (#2504)
scipy の最小バージョンを更新 (#2254)
DOC: img_as_float で、入力の dtype が float の場合に範囲に関する注記を追加 (#2499)
tifffile を 2017.01.12 の変更に対応するように更新 (#2497)
ドキュメント文字列で local_sum を block_reduce に置き換え (#2498)
MAINT: scipys truncate パラメータをガウスフィルター API に渡す (#2508)
DOC: ギャラリー: 結合セグメンテーション: 強化 (#2507)
dev docs のデプロイを整理 (#2516)
通常のビルドに cython を必須にしない (#2509)
Python 3.6 で壊れた
test_ncut_stable_subgraph
を修正し、Travis で Python 3.6 を有効にする (#2511)背景ラベル付けを改善 (#2381)
imread の load_func で img_num 引数をオプションにする (#2054)
現在の networkx マスターと互換性を持たせる (#2455)
HOG コードのさまざまな整理 (#2526)
BUG: ORB によって記述子が返されない場合に発生する NumPy エラーを修正 (#2537)
BUG: ゼロ画像に対する restoration.denoise_bilateral での ValueError を修正 (#2533)
Python XY へのリンクを修正 (#2542)
TST: scipy-0.19.0rc2 での ValueError を修正 (#2544)
DOC: data.coins() の URL を更新 (#2548)
GRIN URL を Flickr URL に置き換え (#2547)
threshold_minimum
が i686 と x86_64 で同一の結果を返すように変更 (#2549)小さな修正 (Issue #2554) (#2556)
filters.threshold_sauvola
ドキュメント文字列からoffset
パラメータを削除 (#2566)ビデオファイルを読み取るための実用的なガイド (#1012)
requirements.txt
から dask を削除 (#2572)morphology.watershed
のエラーメッセージを修正 (#2570)DOC: ユーザーガイドに OpenCV の操作を追加 (#2519)
NEW: シャノンエントロピーを追加 (#2416)
GLCM デモの ylabel のタイプミスを修正 (#2576)
モルフォロジーからの局所極値の検出 (#2449)
__init__
に極値関数を追加 (#2588)