scikit-image 0.17.2 (2020-05-13)#

scikit-image v0.17.2 のリリースを発表できることを嬉しく思います。これはバグ修正リリースです。

バグ修正#

  • poochが誤って必須依存関係として追加されたため（#4666）、poochをオプションの依存関係にしました。また、poochがデータをダウンロードするために使用するパスに関するバグを修正しました（#4662）。

  • float 32イメージのサポートが、slicセグメンテーション、ORBおよびBRIEF特徴検出器で修正されました（#4683、#4684、#4685、#4696、#4697）。

  • 非推奨の引数を削除しました（#4691）。

    • mask、shift_x、およびshift_yをskimage.filters.medianから削除しました。

    • beta1とbeta2をskimage.filters.frangiから削除しました。

    • beta1とbeta2をskimage.filters.hessianから削除しました。

    • dtypeをskimage.io.imreadから削除しました。

    • imgをskimage.morphology.skeletonize_3dから削除しました。

  • ギャラリーの例が、警告を抑制し、一部の関数の新しいデフォルト値を考慮するように更新されました（#4692および#4676）。

このリリースに6人の著者が追加されました[ファーストネームまたはログインによるアルファベット順]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Emmanuelle Gouillart

  • François Boulogne

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

scikit-image 0.17.1 (2020-05-08)#

scikit-image v0.17.1 のリリースを発表できることを嬉しく思います！

scikit-imageは、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、解析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムを含むSciPy用の画像処理ツールボックスです。

詳細、例、ドキュメントについては、当社のウェブサイトをご覧ください

https://scikit-image.dokyumento.jp

213件ものマージされたプルリクエストという驚くべき数に貢献してくださった54人の著者の皆様に感謝いたします！scikit-imageはコミュニティベースのプロジェクトであり、この数にはscikit-imageへの初めての貢献者が含まれていることを嬉しく思います。

Cython 3.0の今後のリリースとのコードの互換性を支援してくれたCythonチームに、今回のリリースに特別な感謝を申し上げます。

新機能#

  • restoration.calibrate_denoiserを使用したノイズ除去アルゴリズムのハイパーパラメーター調整（#3824）、対応するギャラリーの例とチュートリアル付き。

  • measure.profile_lineには、プロファイルに沿ったピクセル値で計算されるリダクション操作を受け入れる新しいreduce_funcパラメーターがあります（#4206）。

  • n次元画像のFFTを計算する際にスペクトルリークを削減するためのnDウィンドウ。filters.windowを使用します（#4252）（新しいギャラリーの例付き）。

  • corner_peakにミンコフスキー距離メトリクスサポートを追加します（#4218）。

  • util.map_arrayが、ピクセル値のセットを別のセットにマッピングするために導入されました（たとえば、領域ラベルをラベル画像の領域のサイズにマッピングするなど）（#4612および#4646）。

  • マスクされたマーチングキューブ（#3829）。

  • SLICスーパーピクセルアルゴリズムで、画像の一部を除外し、スーパーピクセルの境界をマスクの境界に沿わせるマスクを受け入れるようになりました（#3850）。

  • Pooch – githubからのデータセットのオンザフライダウンロード：poochライブラリのおかげで、dataサブモジュールに大きなデータセットを含める可能性を導入しました。data.download_allはすべてのデータセットをフェッチします。（#3945）

  • このバージョンから、ギャラリーの例に、例のノートブックをbinderインスタンスで実行するためのリンクが追加されました。（#4543）

regionprops_table（#4348）幾何変換（#4385）、および共有中心のない回転とスケーリングの登録（#4515）の使用に関する新しいドキュメントチュートリアルとギャラリーの例が追加されました。登録に関する新しいセクションがギャラリーに追加されました（#4575）。

改善点#

  • scikit-imageは、3D配列、および可能な場合はnD配列との完全な互換性を目指しています。nDサポートが、色変換関数（#4418）、CLAHE exposure.equalize_adapthistアルゴリズム（#4598）、およびソーベル、シャール、プレウィットフィルター（#4347）に追加されました。

  • denoise_tv_bregmanのマルチチャネルサポート（#4446）

  • segmentation.relabel_sequentialのメモリフットプリントが、ラベルの数がラベルの数よりもはるかに大きい場合に削減されました（#4612）。

  • ランダムな楕円がdraw.random_shapesで可能になりました（#4493）。

  • リッジフィルターに境界条件を追加します（#4396）。

  • segmentation.random_walkerの新しいヤコビ前処理共役勾配モード（#4359）とマイナーな修正（#4630）。

  • exposure.intensity_rangeでNaNを使用してリスケールする場合に警告します（#4265）。

データ型の処理方法に関するいくつかの関数の整合性も改善しました。

  • filters.rank関数でdtypeを整合させます（#4289）。

  • colorconv float32からdoubleへのキャストを修正します（#4296）。

  • ラドンがfloat32配列をdoubleにアップキャストするのを防ぎます（#4297）。

  • iradon_sartの入力および出力データ型を管理します（#4300）。

APIの変更#

  • 浮動小数点入力を使用する場合、denoise_waveletは、データの範囲を再スケーリングしたり、出力を範囲[0, 1]または[-1, 1]にクリップしたりしなくなりました。浮動小数点以外の入力の場合、再スケーリングとクリップは以前のリリースと同様に行われます（ただし、sigmaのスケーリングに関連するバグ修正は除きます）。

  • 2D入力の場合、エッジフィルター（ソーベル、シャール、プレウィット、ロバーツ、ファリード）は、マスクが提供されない場合、境界ピクセルを0に設定しなくなりました。これは、scipy.ndimage.convolveの境界モードが'reflect'になり、これらのフィルターの境界で意味のある値が可能になったためです。以前の動作を保持するには、mask=np.ones(image.shape, dtype=bool)を渡します（#4347）。

  • skimage.exposure.rescale_intensity()でout_rangeがdtypeではなく数値の範囲である場合、出力データ型は常にfloatになります（#4585）。

  • skimage.exposure.equalize_adapthist()によって返される値は、丸め動作が異なるため、以前のバージョンとはわずかに異なります（#4585）。

  • masked_register_translationをfeatureからregistrationに移動します（#4503）。

  • register_translationをskimage.featureからskimage.registrationに移動します（#4502）。

  • watershedをmorphologyからsegmentationに移動します（#4443）。

  • draw.circle()をdraw.disk()に名前変更します（#4428）。

  • skimage.segmentation.relabel_sequential()によって返されるフォワードマップとバックワードマップは、NumPy配列ではなくなりましたが、マッピングに対して同じように動作する、よりメモリ効率の高いArrayMapオブジェクトです。詳細については、relabel_sequentialのドキュメントを参照してください。NumPy配列に戻すには、NumPy配列としてキャストします：np.asarray(forward_map)（#4612）。

バグ修正#

  • denoise_wavelet：ユーザーが提供したsigmaの場合、入力イメージがimg_as_floatを介して再スケーリングされると、ノイズ推定の相対スケールを維持するために、同じスケーリングがsigmaに適用されます。以前の動作を復元するには、ユーザーはrescale_sigma=Falseを手動で指定できます。

  • 画像の周囲のFrangiアーティファクトを修正します（#4343）。

  • 浮動小数点精度によるinertia_tensor_eigvalsでの負の固有値の修正 (#4589)

  • Fオーダー画像のmorphology.floodの修正 (#4556)

  • 浮動小数点画像入力におけるh_maxima/minimaの奇妙な動作の修正 (#4496)

  • peak_local_maxの座標順序の修正 (#4501)

  • peak_local_maxで同じ振幅のピーク座標を自然な順序でソート (#4582)

  • denoise_nl_meansのデータ型管理の修正 (#4322)

  • rescale_intensityを更新して、アンダーフロー/オーバーフローを防ぎ、適切な出力dtypeを生成 (#4585)

(その他の小さなバグ修正は、最後に記載されている他のプルリクエストの一覧に含まれています)

非推奨#

このリリースでサポートされる最小のPythonバージョンは3.6です。

  • skimage.morphology.flood_fillのパラメータinplaceは、in_placeに置き換えられて非推奨になり、scikit-image 0.19.0で削除されます (#4250)。

  • skimage.segmentation.circle_level_setは非推奨となり、0.19で削除されます。代わりにskimage.segmentation.disk_level_setを使用してください。

  • skimage.draw.circleは非推奨となり、0.19で削除されます。代わりにskimage.draw.diskを使用してください。

  • pythonキーワードとの衝突のため、iradonのfilter引数を非推奨にする (#4158)

  • marching_cubes_classicを非推奨にする (#4287)

  • label2rgbのデフォルト背景値を-1から0に変更 (#4614)

  • rgb2greyとgrey2rgbを非推奨にする (#4420)

  • morphsnakesにおけるcircleの非推奨を完了 (#4467)

  • rgb2grayにおけるRGB画像以外の変換を非推奨にし (#4838, #4439), gray2rgbにおけるグレースケール画像以外の変換を非推奨にする (#4440)

その他のプルリクエストの一覧は、このドキュメントの末尾、著者とレビュー担当者の一覧の後に記載されています。

このリリースに追加された54人の著者 [ファーストネームまたはログイン名でアルファベット順]#

  • aadideshpande (aadideshpande)

  • Alexandre de Siqueira

  • Asaf Kali

  • Cedric

  • D-Bhatta (D-Bhatta)

  • Danielle

  • Davis Bennett

  • Dhiren Serai

  • Dylan Cutler

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Eoghan O’Connell

  • Eric Jelli

  • Eric Perlman

  • erjel (erjel)

  • Evan Widloski

  • François Boulogne

  • Gregory R. Lee

  • Hazen Babcock

  • Jan Eglinger

  • Joshua Batson

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Justin Terry

  • kalvdans (kalvdans)

  • Karthikeyan Singaravelan

  • Lars Grüter

  • Leengit (Leengit)

  • leGIT-bot (leGIT-bot)

  • LGiki

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Marvin Albert

  • mellertd (Dave Mellert)

  • Miguel de la Varga

  • Mostafa Alaa

  • Mojdeh Rastgoo (mrastgoo)

  • notmatthancock (matt)

  • Ole Streicher

  • Riadh Fezzani

  • robroooh (robroooh)

  • SamirNasibli

  • schneefux (schneefux)

  • Scott Sievert

  • Stefan van der Walt

  • Talley Lambert

  • Tim Head (betatim)

  • Thomas A Caswell

  • Timothy Sweetser

  • Tony Tung

  • Uwe Schmidt

  • VolkerH (VolkerH)

  • Xiaoyu Wu

  • Yuanqin Lu

  • Zaccharie Ramzi

  • Zhōu Bówēi 周伯威

このリリースに追加された35人のレビュー担当者 [ファーストネームまたはログイン名でアルファベット順]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Asaf Kali

  • D-Bhatta

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Eoghan O’Connell

  • erjel

  • François Boulogne

  • Gregory R. Lee

  • Hazen Babcock

  • Jacob Quinn Shenker

  • Jirka Borovec

  • Josh Warner

  • Joshua Batson

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Justin Terry

  • Lars Grüter

  • Leengit

  • leGIT-bot

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Marvin Albert

  • mellertd

  • Miguel de la Varga

  • Riadh Fezzani

  • robroooh

  • SamirNasibli

  • Stefan van der Walt

  • Timothy Sweetser

  • Tony Tung

  • Uwe Schmidt

  • VolkerH

  • Xiaoyu Wu

  • Zhōu Bówēi 周伯威

その他のプルリクエスト#

  • [WIP] DOC plot_glcmのドキュメントの変更 (#2789)

  • ギャラリーにtophatをドキュメント化 (#3609)

  • regionpropsのブール画像に対するより有益なエラーメッセージ (#4156)

  • threshold_multiotsuのリファクタリング/修正 (#4178)

  • 生成されたAPIドキュメントをアルファベット順にソート (#4208)

  • travis CIでのランダムなLinuxビルドの失敗を修正 (#4227)

  • scipy.sparse.linalg.eigshの開始ベクトルを初期化して、graph_cutの再現性を確保 (#4251)

  • ヒストグラムマッチングテストを追加 (#4254)

  • MAINT: SciPyの畳み込みメソッドの実装を使用 (#4267)

  • SKIPレンダリングのCSSを改善 (#4271)

  • ドキュメントストリングの例で、コピーボタンの横にプロンプトのトグルを追加 (#4273)

  • ギャラリーのglcmの例のタイトなレイアウト (#4285)

  • 0.16.2リリースノートをフォワードポート (#4290)

  • hogのドキュメントストリングのタイプミスを修正 (#4302)

  • ピラミッド関数はpreserve_range kwargを受け入れる (#4310)

  • テストを作成し、型を修正 (#4311)

  • numpy.padのラッピングを非推奨にする (#4313)

  • コアコントリビューターガイドでマージポリシーを明確にする (#4315)

  • Regionpropsの空のバグ (#4316)

  • インポートクラッシュを回避するためのチェックを追加 (#4319)

  • simple_metricsのドキュメントストリングのタイプミスを修正 (#4323)

  • peak_local_maxのexclude_borderを独立かつ異方性にする (#4325)

  • blob_log/blob_dogおよび対応するテストを修正 (#4327)

  • コア開発者ガイドに課題をクローズするセクションを追加 (#4328)

  • ガウシアンフィルターの出力配列が提供されている場合はそれを使用 (#4329)

  • cythonのピンニングを前進 (#4330)

  • ビルドマトリックスにpython 3.8を追加 (#4331)

  • scipyから数学関数をインポートすることを避ける ;) (#4332)

  • block reduceにdtypeキーワード引数を追加し、ドキュメントを少し変更 (#4334)

  • fast_expで32ビット整数を明示的に使用 (#4338)

  • slicにおける単精度から倍精度へのキャストを修正 (#4339)

  • measure.block_reduceを明示的なfunc_kwargs kwdを受け入れるように変更 (#4341)

  • equalize_adapthistの境界アーティファクトを修正 (#4349)

  • hough_circle_peaksがmin_xdistance, min_ydistanceを尊重するようにする (#4350)

  • CONTRIBUTORS.txtを非推奨にし、git shortlogコマンドで置き換える (#4351)

  • MPO画像を読み込む場合のpillowバージョンの警告を追加 (#4354)

  • measure.block_reduceのマイナーなドキュメント改善 (#4355)

  • regionprops_tableをハイライトする例を追加 (#4356)

  • setup.pyから大きな依存関係のアップグレードを回避しようとするコードを削除 (#4362)

  • 立方体補間におけるfloat32の昇格を修正 (#4363)

  • Sphinx検索ボックスを生成する新しい方法に更新 (#4367)

  • register_translationの例の説明を明確にする (#4368)

  • scipyの最小バージョンを1.0.1に引き上げ (#4372)

  • numpy 1.18.0でのビルドをスキップして、OSXビルドを修正 (#4376)

  • pywaveletsを0.5.2に引き上げ (#4377)

  • APIドキュメントのクラスにもミニギャラリーを追加 (#4381)

  • ギャラリー: タイプミスを修正 + 角度を適切な値に縮小 (#4386)

  • setup: READMEから長い説明を読み取る (#4392)

  • テストの実行順序に成功を依存させない (#4393)

  • _adapthistモジュールのリファクタリングとメモリ使用量の削減 (#4395)

  • transform (rescale, warp_polar)のドキュメント修正 (#4401)

  • DOC: ransac式のmの意味を指定 (#4404)

  • コア開発者ガイドの値へのリンクを更新 (#4405)

  • subtract_meanのアンダーフロー修正を修正 (#4409)

  • Azureでのハングするドキュメントビルドを修正 (#4411)

  • 無効なエスケープシーケンスに関する警告を修正 (#4414)

  • skimage.transform.pyramidsのURLを修正 (#4415)

  • profile_line補間のエラーを修正 (#4416)

  • MAINT: circle_level_setをdisk_level_setに置き換える (#4421)

  • skimage.measure.marching_cubesの非推奨警告にstacklevel=2を追加 (#4422)

  • rank.tophatとrank.bottomhatを非推奨にする (#4423)

  • gray2rgbaを追加し、gray2rgbでのRGBAサポートを非推奨にする (#4424)

  • ISSUE_TEMPLATE: image.scフォーラムに関するメモを追加 (#4429)

  • skips.1-governanceの死んだリンクを修正 (#4432)

  • skimage.feature.cannyの死んだリンクを修正 (#4433)

  • cannyでのuse_quantilesの動作を修正 (#4437)

  • Cannyでのしきい値の冗長なチェックを削除 (#4441)

  • Difference of Gaussians関数 (#4445)

  • denoise_tv_bregmanがfloat32とfloat64を入力として受け入れるテストを修正 (#4448)

  • ドキュメントストリングでのコロンの使用を標準化 (#4449)

  • numpyバージョンを1.15.1に引き上げ (#4452)

  • numpyの非互換性を修正するために、最小のtifffileバージョンを設定 (#4453)

  • denoise_waveletに関する警告をクリーンアップ (#4456)

  • reginopropsでのsubdtypeチェックでnumpyからのFutureWarningに対処 (#4457)

  • 警告モジュールのドックテストで警告をスキップ (#4458)

  • 非推奨の関数rank.tophat rank.bottomhatが警告を発するため、ドックテストをスキップ (#4459)

  • morphology.watershedのドックテストが移動して警告を発するため、ドックテストをスキップ (#4460)

  • rgbの種類が推論される場所でrgba2rgbを直接使用 (#4461)

  • コーナーピークの警告をクリーンアップ (#4463)

  • segmentation.relabel_sequentialのエッジケースのバグを修正 (#4465)

  • deltaE cmcの近い色のバグを修正 (#4469)

  • ブール配列のワーピングを修正 (#4470)

  • ブール配列のprofile_lineを修正 (#4471)

  • ガバナンスの値リンクを修正 (#4472)

  • フィルターの例を改善 (#4479)

  • 非局所平均テストの実行時間を短縮 (#4480)

  • スポンサーボタンを追加 (#4481)

  • 最長のテストの実行時間を短縮 (#4487)

  • haar特徴の例を少し改善 (#4490)

  • py3.8で動作するように、sphinx-gallery >= 0.3.1に最小バージョンを追加 (#4498)

  • find_contoursでのKeyErrorを修正 (#4505)

  • imageioプラグインを使用したブール配列の保存を修正 (#4512)

  • skimage/color/colorconvのドキュメントストリング内の要素の順序を修正 (#4518)

  • clip_limit == 1の場合のexposure_adapthistの戻り値を修正 (#4519)

  • Windowsでのvenvアクティベーションに関する情報を追加 (#4521)

  • 類似変換スケールを修正 (#4524)

  • segmentation/plot_label.pyの例に、背景を透明にするための説明を追加 (#4527)

  • 構造化要素を生成するためのサンプルコードを追加 (#4528)

  • ビルドの失敗のため、imreadバージョン0.7.2をブロック (#4529)

  • Maint: 一部の警告 (未使用のインポート、空白行) を抑制するための編集 (#4530)

  • MNT: 重複するnogil指定を削除 (#4546)

  • pillow 7.1.0をブロック, #4548を参照 (#4551)

  • binderの要件を修正 (#4555)

  • skimage.dataでpilプラグインを強制しない (#4560)

  • githubテンプレートの「0.14にバックポート」を削除 (#4561)

  • ドキュメントストリングの不整合を修正 (filters.median) (#4562)

  • 一時的な回避策として、travis-macでtexliveのキーチェックを無効にする (#4565)

  • Pywaveletsの最小要件を1.1.1に引き上げ (#4568)

  • sphinx 3.0.0でバックスラッシュを削除 (#4569)

  • match_descriptorsドキュメントストリングからバイナリ指定を削除 (#4571)

  • skimage.transformをtfとしてインポートすることを削除 (#4576)

  • numpydocがパッチされたときに、ドキュメント構成でオプションを削除するためのメモを追加 (#4578)

  • TODO.txtのタスクを更新 (#4579)

  • convertをプライベート関数として_convertに名前を変更 (#4590)

  • plot_skeleton.pyでデータモジュールを上書きしない (#4591)

  • [CI修正] numpyがcimportされているcythonファイルにimport_arrayを追加 (#4592)

  • コントリビューションガイドでcnp.import_arrayを推奨 (#4593)

  • ドキュメントにnatsortの使用例を追加 (#4599)

  • 破損したリンクと永久に移動したリンクを修正 (#4600)

  • cythonのimport_arrayのタイプミスを修正 (#4602)

  • sphinx-copybuttonに必要な最小のsphinxバージョンを更新 (#4604)

  • マルチチャネルのnD画像とmultichannel=Falseをモンタージュする場合のエラーメッセージを明確にする (#4607)

  • register_translationの警告メッセージを修正 (#4609)

  • marching_cube_*とgray2rgbでの非推奨警告に関するメモを追加 (#4610)

  • サムネイルサイズを縮小してギャラリーの読み込み速度を向上 (#4613)

  • 一定の入力に対するexposure.rescale_intensityの誤った動作を修正 (#4615)

  • ドキュメントストリングの数式書式設定を変更 (#4617)

  • .mypy_cacheをgitignoreに追加 (#4620)

  • register rotationギャラリーの例のタイプミスを修正 (#4623)

  • ユーザーガイド: 可視化の章を追加 (#4627)

  • 無効なエスケープシーケンスによる非推奨警告を修正 (#4628)

  • moments_huとcentroidのドキュメントストリング例を追加 (#4632)

  • 新しいファイルの場所でpoochレジストリを更新 (#4635)

  • montageにおける誤解を招く「ValueError: Input array has to be either 3- or 4-dimensional」（#4638）

  • 破損したリンクを修正（#4639）

  • AffineTransform: 'scale'に単一の値が指定された場合、sxとsyの両方に適用するように変更（#4642）

  • CIを修正 - cython 3.0a4（#4643）

  • sphinxを修正（#4644）

  • ArrayMapテストを修正（#4645）

  • tifffileのコピーを削除; pipからインストール（#4235）

  • モルフォロジーにおける近傍ユーティリティ関数をリファクタリング/移動（#4209）