scikit-image 0.15.0 (2019-04-03)#
scikit-image v0.15.0 のリリースを発表できることを嬉しく思います！
scikit-image は、セグメンテーション、幾何変換、色空間操作、解析、フィルタリング、モルフォロジー、特徴検出などのアルゴリズムを含む、SciPy 用の画像処理ツールボックスです。
詳細、例、ドキュメントについては、当社の Web サイトをご覧ください。
https://scikit-image.dokyumento.jp
0.15 は、Python 3.5 以上とのみ互換性のある最初の scikit-image リリースです。Python 2.7 ユーザーは、Python 3.5+ へのアップグレードを強く検討するか、0.14 の長期サポートリリースを使用する必要があります。
新機能#
許容範囲付きの N 次元塗りつぶし (#3245)
属性演算子 (#2680)
3D でのサブピクセル精度を有効にし、オプションでエラー計算を無効にするための register_translation の拡張 (#2880)
アンシャープマスクフィルタリング (#2772)
skimage.morphology.local_maximaおよびlocal_minimaの新しいオプションconnectivity、indices、およびallow_borders。 (#3022)マスクされたデータの画像並進登録 (
skimage.feature.masked_register_translation) (#3334)フランジ (血管らしさ)、メイジェリング (神経らしさ)、およびサト (管状らしさ) フィルター (#3515)
任意範囲の float->float 変換を許可 (#3052)
低精度の float 配列が
img_as_floatを通過できるようにする (#3110)遅延 apply_parallel (dask 配列演算の最適化を可能にする) (#3121)
ヒストグラムの範囲オプションを追加。 (#2479)
ヒストグラムマッチングの追加 (#3568)
改善点#
morphology.local_maximaを高速な塗りつぶしベースの Cython バージョンに置き換え (#3022)skiviが Qt4/Qt5/PySide/PySide2 互換性のためにqtpyを使用するようになりました (新しいオプションの依存関係)。パフォーマンスは Airspeed Velocity によって監視されるようになりました。ベンチマークの結果は https://pandas.dokyumento.jp/speed/ に表示されます (#3137)
GLCM の内側ループを高速化 (#3378)
threshold_niblack および threshold_sauvola でカーネルを定義するためにタプルを許可 (#3596)
blob_log および blob_dog での異方性ブロブ検出のサポートを追加 (#3690)
API の変更#
アルゴリズムが特許取得済みのため、
skimage.transform.seam_carveが削除されました。 (#3751)skimage.measure.compare_psnrのパラメータdynamic_rangeが削除されました。代わりにパラメータdata_rangeを使用してください。 (#3313)imageio が画像の読み取りと書き込みの推奨プラグインになりました。 (#3126)
imageio が scikit-image の依存関係になりました。 (#3126)
regular_gridが numpy 1.15 との互換性のためにリストではなくタプルを返すようになりました (#3238)issue #2995 で説明されているように、
colorconv.separate_stainsとcolorconv.combine_stainsが自然対数ではなく base10 を使用するようになりました。 (#3146)skimage.util.dtype_limitsのclip_negativeパラメータのデフォルト値がFalseに設定されました。skimage.transform.radonのcircleパラメータのデフォルト値がTrueに設定されました。skimage.transform.iradonのcircleパラメータのデフォルト値がTrueに設定されました。skimage.transform.swirlのmodeパラメータのデフォルト値がreflectに設定されました。非推奨の
skimage.filters.threshold_adaptiveが削除されました。代わりにskimage.filters.threshold_localを使用してください。skimage.restoration.denoise_bilateralのmultichannelパラメータのデフォルト値がFalseに設定されました。skimage.restoration.denoise_nl_meansのmultichannelパラメータのデフォルト値がFalseに設定されました。skimage.transform.resizeおよびskimage.transform.rescaleのmodeパラメータのデフォルト値がreflectに設定されました。skimage.transform.resizeおよびskimage.transform.rescaleのanti_aliasingパラメータのデフォルト値がTrueに設定されました。skimage.test関数が削除されました。この機能は、pytestを直接呼び出すことで実現できます。morphology.local_maximaがブール配列を返すようになりました (#3749)
バグ修正#
フランジフィルターの明るいリッジ検出を修正 (#2700)
画像のいずれかの次元が 3 より小さく、キーワード
allow_bordersが false の場合、skimage.morphology.local_maximaおよびskimage.morphology.local_minimaがエラーを発生させなくなりました。パラメータ
indicesが false の場合、skimage.morphology.local_maximaおよびskimage.morphology.local_minimaが 0 と 1 の配列ではなくブール配列を返します。compare_ssimをgaussian_weightsを True に設定して使用する場合、平均構造類似度を計算するときに使用される境界のトリミングは、使用されるガウス関数の幅と正確に一致するようになりました。ガウスフィルターウィンドウも、SSIM に関する元の出版物と正確に一致するように、4.0 標準偏差ではなく 3.5 で切り捨てられるようになりました。これらの変更によって、計算された SSIM 値にごくわずかな変更しか生じないはずです。gaussian_weightsが False の場合、既存の動作に変更はありません。 (#3802)cython のラップアラウンドの誤った使用 (#3481)
numpy に適切なパラメータを提供することで、ブロック削減を高速化 (#3522)
urllib.request を再度追加 (#3766)
画像の次元が 1 の場合、リフレクトモードでピクセルを繰り返す (#3174)
Li しきい値処理を改善 (#3402, 3622)
非推奨#
Python 2 のサポートが終了しました。ユーザーは Python >= 3.5 を使用する必要があります。 (#3000)
skimage.util.montage2dが削除されました。代わりにskimage.util.montageを使用してください。skimage.noviceは非推奨であり、0.16 で削除されます。skimage.transform.resizeおよびskimage.transform.rescaleオプションanti_aliasingがデフォルトで有効になりました。regionpropsは 0.16 で行と列の座標を使用します。regionprops(..., coordinates='rc')を使用して今すぐ使い始めることができます。警告メッセージを抑制し、古い動作を維持するには、regionprops(..., coordinates='xy')を使用します。ただし、そのオプションは 0.16 で廃止され、エラーが発生します。この変更には多くの影響があります。具体的には、「orientation」領域プロパティは、*垂直*線からの反時計回りの角度、つまり行と列の座標でのベクトル (1, 0) からの角度を測定します。skimage.morphology.remove_small_holesのmin_size引数は非推奨となり、0.16 で削除されます。代わりにarea_thresholdを使用してください。skimage.filters.medianは、将来的にscipy.ndimage.median_filterと同じ動作をするように変更されます。この動作はbehavior='ndimage'を使用して設定できます。0.16 ではこれがデフォルトの動作となり、0.17 では以前の動作のパラメータ（mask、shift_x、shift_y）とともに削除されます。
ドキュメントの改善#
rotate メソッドの center パラメータに関するドキュメントの修正 (#3341)
Sphinx の copybutton の追加 (#3530)
ドキュメントへの用語集の追加 (#3626)
データに網膜の画像を追加 (#3748)
ギャラリーに microaneurysms() を追加 (#3765)
remove_small_objects の動作に関するドキュメントの改善：int vs bool (#2830)
preserve_range パラメータのドキュメントへのリンクの追加 (#3109)
データ局所性に関するドキュメントの更新 (#3127)
scikit-image conda インストール用に conda-forge チャネルを指定 (#3189)
ドキュメント文字列で DOI をウェブリンクに変換 (#3367)
regionprops のドキュメントの更新 (#3602)
DOC: RANSAC ギャラリーの例の改善 (#3554)
DOC: “feature.peak_local_max”：関数によって返される複数の同一強度ピークの説明。
exclude_borderパラメータの詳細の追加 (#3600)
改善点#
MNT: np.linspace の非推奨警告と num パラメータの float を処理 (#3453)
TST: numpy の空配列は本質的に偽ではない (#3455)
未使用のパラメータに対する scipy cdist の警告を処理 (#3456)
MNT: テストスイートで filter_warnings を使用しない (#3459)
ビルド環境のセットアップに関するドキュメントノートの追加 (#3472)
多数の cython 関数で GIL を解放 (#3490)
float32 および float64 を使用するための Cython の調整 (#3493)
rank_filters: 正確な警告を保証するために、bitdepth および max_bin の計算方法を変更 (#3501)
Rank: OTSU フィルタの最適化 (#3504)
Rank - ランクエントロピーと OTSU テストの修正 (#3506)
手動セグメンテーションでの pyplot のインポートの遅延 (#3533)
requirements-parser 依存関係の削除 (#3534)
テストでの
correct_mesh_orientationからの警告のフィルタリング (#3549)cloudpickle は実際にはコア依存関係ではなく、ドキュメントの依存関係である (#3634)
pip のオプションの依存関係 (#3645)
3.7 でのテスト警告の削減 (#3687)
collections.abc の微調整 (#3692)
合理化された issue テンプレート (#3697)
PR テンプレートの厳格化 (#3701)
将来の互換性のために、cython で言語レベルを 3 に設定 (#3707)
numpy および skimage のバージョンに関する情報を ISSUE_TEMPLATE.md に追加 (#3730)
多くの cython モジュールに相対インポートを使用 (#3759)
soft-fp を使用した arm で浮動小数点例外を発生させないテストに合格 (#3337)
その他の改善点#
BUG: greycoprops の相関が常に 1 を返す問題を修正 (#2532)
skimage.lookforを介した API 探索に関するセクションの追加 (#2539)アフィン変換のための 2D ワーピングの高速化 (#2902)
リリースノートでのレビュアーへのクレジット (#2927)
API に小さなギャラリーを追加 (#2940)
整数丸めアーティファクトを回避するために skimage ガウシアンフィルターを使用 (#2983)
Python 2 の互換性の削除 (#3000)
skimage.drawにrectangle_perimeter機能を追加 (#3069)既存の要件仕様を参照するようにインストール手順を更新 (#3113)
0.13.1 より前のフェーズを含むリリースノートの更新 (#3114)
リリースガイドラインの更新 (#3115)
Python 3 でインストールおよび実行していることを確認 (#3119)
test_unsharp_mask での警告の非表示 (#3130)
0.15 の非推奨の処理 (#3132)
ドキュメント: 常に dev ブランチの javascript を使用 (#3136)
初期 airspeed velocity (asv) フレームワークの追加 (#3137)
io テスト中に flatten の警告を抑制 (#3143)
filters.try_all_threshold() での例外からの回復 (#3149)
単体テストを実行するように skimage.test() を修正 (#3152)
skivi: さまざまな Qt バージョンを処理するために qtpy を使用 (#3157)
Python バージョンチェックのリファクタリング (#3160)
data_dir を
data/__init__.py内に移動 (#3161)lookfor の定義を __init__.py から移動 (#3162)
パッケージ番号を PEP440 に正規化 (#3163)
skimage.test は使用されなくなったため削除 (#3164)
INSTALL.rst に qtpy に関するメッセージを追加 (#3168)
回帰修正: テストが失敗した場合、Travis は失敗する必要がある (#3170)
最小 cython バージョンを
0.23.4に設定 (#3171)API ドキュメントに rgba2rgb を追加 (#3175)
video.rst の軽微なドキュメントフォーマットの修正 (#3176)
テストの冗長性を低減 (#3182)
行列乗算を使用した rgb2gray の高速化 (#3187)
PR テンプレートに meeseeksdev の指示を追加 (#3194)
ビデオパッケージのインストール手順を削除 (#3197)
大きな画像ラベリングの修正 (#3202)
cycle_spin での dask の非推奨を処理 (#3205)
Qt ビューアペイントツールインデックスを修正 (#3210)
build_versions.py はハードコードされなくなりました。 (#3211)
exposure.rescale_intensity での dtype コンストラクター呼び出しを削除 (#3213)
ASV ベンチマークへのさまざまな更新 (#3215)
Github README に Stack Overflow へのリンクを追加 (#3217)
MAINT: ファイルヘッダーのエンコード情報を削除 (python 3) (#3219)
ビルドツール: appveyor で –pre ビルドを専用化し、他のビルドが –pre をダウンロードしないようにする (#3222)
不正なビルドでの人間が読めるエラーメッセージを修正。 (#3223)
デフォルトで apply_parallel で入力配列の型を尊重 (#3225)
Travis クリーンアップ pip コマンド (#3227)
morphology.watershed のベンチマークを追加 (#3234)
コードブロックがコードとして表示されるように docstring の書式を修正 (#3236)
skimage.io の matplotlib.pyplot のインポートを必要になるまで延期 (#3243)
Sobel フィルターのベンチマークを追加 (#3249)
ビルドプロセスを中断するため、cython md5 ハッシュを削除 (#3254)
ドキュメントのタイプミスを修正。 (#3262)
Issue 3156: skimage/__init__.py ドキュメント文字列を更新し、import * を修正 (#3265)
オブジェクト検出器モジュール (#3267)
ビルド中にサブモジュールをインポートしない (#3270)
canny のベンチマークスイートを追加 (#3271)
segmentation.felzenszwalb ドキュメントの改善 #3264 (#3272)
_canny.py を更新 (#3276)
ヒストグラム平坦化のベンチマークスイートを追加 (#3285)
equalist_hist ブログ参照へのリンクを修正 (#3287)
.gitignore: 初心者向け: save-demo.jpg を無視 (#3289)
denoise_wavelet のユーザーが直交ウェーブレットを選択できるようにガイド (#3290)
skimage/__init__.py で未使用のライブラリを削除 (#3291)
BUILD: cython が存在することを保証するために pyproject.toml を追加 (#3295)
ドキュメントで intersphinx および mpl の非推奨警告を処理 (#3300)
軽微な PEP8 の修正 (#3305)
cython: sdist からインストール中に cpp ファイルの存在をチェック (#3311)
appveyor: アーティファクトをアップロードしない (#3315)
hough_line() のベンチマークスイートを追加 (#3319)
初心者向けに URL テストをスキップ (#3320)
ホイールからベンチマークを削除 (#3321)
ホイール (バイナリ) ディストリビューションにライセンスファイルを追加 (#3322)
codecov: カバレッジでビルドスクリプトを無視し、PR にコメントしない (#3326)
Matplotlib 2.2.3 + PyQt5.11 (#3345)
@hmaarrfk が MeeseeksDev にバックポートをメンションすることを許可。 (#3357)
テストマトリックスに Python 3.7 を追加 (#3359)
dask からの非推奨のキーワードを修正 (#3366)
skimage.transform.resize でのアンチエイリアシングとの互換性のないモード (#3368)
threshold_local での欠落している cval パラメータ (#3370)
Sphinx 1.7.8 を回避 (#3381)
ギャラリーにデータを示す (#3388)
numpy 画像ページの文法の軽微な更新 (#3389)
assert_all_close は存在しないため、
assert_array_equalにする (#3391)多数の次元を持つ配列に対するガウシアンフィルターの動作の改善 (#3394)
-OO を使用したインポート/実行を許可 (#3398)
32 ビットアーキテクチャで失敗することがわかっているテストを xfail でマーク (#3399)
test_ssim_grad の入力をハードコード (#3403)
TST: test_wavelet_denoising_levels を PyWavelets 1.0 と互換性を持たせる (#3406)
tifffile.py が I/O を処理できるようにする。 (#3409)
Python 3 の明示的な Trove 分類子を追加 (#3415)
contribs.py のエラーを修正 (#3418)
MAINT: Python 3.4 をサポートしなくなったため、pyside の制限を削除 (#3421)
ビルドツール: MPL_DIR の取得方法を簡素化。 (#3422)
ビルドツール: travis でテストを 2 回実行しない。 (#3423)
ビルドツール: オプションの依存関係を持つ OSX ビルドを追加。 (#3424)
MAINT: MINIMUM_REQUIREMENTS テストを中断した #3300 の変更を元に戻しました (#3427)
MNT: http を使用するリンクを https に変換 (#3428)
MAINT: matplotlib がアップグレードされたため、アップストリームカラーマップを使用 (#3429)
ビルドツール: pyamg をオプションの依存関係にし、カスタムロジックを削除 (#3431)
ビルドツール: 最小要件ビルドにインストールされた PyQt を修正 (#3432)
MNT: python >=2.7 に依存しているため、マルチプロセッシングは常に利用可能である必要がある (#3434)
MAINT cst*np.ones の代わりに np.full を使用 (#3440)
DOC:
make latexpdfによる LaTeX ビルドを修正 (#3441)0.14.1 以降のリリースに関する指示などを更新 (#3442)
python 2 に固有のコードを削除 (#3443)
例外を回避するために、
_try_allのmethodsのデフォルト値を修正 (#3444)任意の次元 < 3 の入力に対する morphology.local_maxima を修正 (#3447)
不明なエスケープ記号の警告を回避するために、raw 文字列を使用 (#3450)
出力のインプレースクリッピングによる xyz2rgb の高速化 (#3451)
MNT; tifffile の非推奨警告を処理 (#3452)
ビルドツール: TST: テスト中に初心者向けの非推奨警告をフィルタリング (#3454)
ビルドツール: クラスフィクスチャで pytest.fixtures デコレータを使用しない (#3458)
マスクされた配列の fill_value を保持 (#3461)
np.histogram からの VisibleDeprecationWarning を修正、normed=True (#3463)
ビルドツール: DOC: 現在 PYTHONOPTMIZE ビルドが SciPy によってブロックされていることをドキュメント化 (#3470)
DOC: 壊れたリンクを Web アーカイブの同等のリンクに置き換え (#3471)
FIX: plot_marching_cubes の例を表示可能にする。 (#3474)
Travisでの
skimage.lookforに関する失敗を回避 (#3477)docs Makefileにおけるsphinx-buildのPython実行可能ファイルを修正 (#3478)
ビルドツール: 特定のCythonバージョンをブロック (#3479)
タイプミスを修正 (#3480)
ドキュメントストリングに「optional」の表記を追加 (#3495)
「mnxc」（マスク付き正規化相互相関）をより説明的な名前に変更 (#3497)
ランダムウォーカーのバグ修正: 何もすることがない場合にエラーが発生しないようにする (#3500)
アクティブ輪郭に関する様々な微調整 (#3508)
ユーザーガイドのuint32 dtypeの範囲を修正 (#3512)
画像が空の場合、ワーピングで意味のある例外を発生させる (#3518)
DOC: Ubuntuの開発インストール手順にtkinterがない (#3520)
マスクされた並進レジストレーションのためのより良いギャラリー例とテスト (#3528)
DOC: ドキュメントストリングを当社の標準により準拠させる (#3529)
ビルドツール: Python 3.7でのsimpleitkの制限を削除 (#3535)
skeletonize_3dの高速化とベンチマークの追加 (#3536)#3476を支持してmatplotlib 3.0.0を正当化するrequirements/README.mdを更新 (#3542)
ノイズ除去機能に関するドキュメントの強化 (#3553)
docsのMakefileでnprocのフォールバックとして'getconf _NPROCESSORS_ONLN'を使用 (#3563)
matplotlibのset_*lim APIの非推奨を修正 (#3564)
np.powerからnp.cbrtに切り替え (#3570)
行列サブクラスに対するDeprecationPendingWarningをフィルタリングアウト (#3572)
ギャラリーにRGBからグレースケールへの例を追加 (#3574)
ビルドツール: ファイル名をパラメータとして受け取るようにcheck_sdistをリファクタリング (#3579)
daskをオプションの要件にする (#3582)
_marching_cubes_lewiner_cy: charをsignedとしてマーク (#3587)
DOIを推奨リゾルバーにハイパーリンク (#3589)
morphology.reconstructionドキュメントストリングの欠落パラメータの説明 #3581 (#3591)チャットの場所を更新 (#3598)
孤立したコード（skimage/filters/_ctmf.pyx）を削除。 (#3601)
より明確な例のタイトル、plot_cycle_spinning.pyでのより良いリストレンダリング (#3606)
ギャラリーにrgbからhsvへの例を追加 (#3607)
perimeterのドキュメントを更新し、入力検証を追加 (#3608)clear_borderに追加のマスクオプションを追加 (#3610)
Azure PipelinesでCIを設定 (#3612)
[MRG] EHN: メディアンフィルターが浮動小数点画像を受け入れるようにする (#3616)
Travis-CIをxcode 10.1に更新 (#3617)
_mean_stdコードへの微調整 (#3619)
ギャラリーセクションの明示的な順序を追加 (#3627)
壊れたリンクを削除 (#3628)
ビルドツール: matplotlib 2.2.3およびnumpy 1.16のtest_mpl_imshowを修正 (#3635)
コア開発ガイドの最初のドラフト (#3636)
ホームページのビルドプロセスに関する詳細を追加 (#3639)
長いクエリ文字列を持つ画像リソースが読み取れるようにする (#3642)
skimage/future/manual_segmentation.pyでのmatplotlibインポートを遅延 (#3648)
画像を保存する際の低コントラストチェックをオプションにする (#3653)
ドキュメント用に自動生成されたリリースノートを正しく無視する (#3656)
「clean」ターゲットを作成する際にMANIFESTファイルを削除する (#3657)
feature/blob.pyの_overlapドキュメントストリングで戻り値を明確にする (#3660)
コントリビューションスクリプト: GitHub開発ブランチの指定を許可 (#3661)
コア開発ガイドの更新: 非推奨、コントリビューターガイド、必要な経験 (#3662)
0.14.2のリリースノートを追加 (#3664)
FIX ギャラリー: match_histogramにmultichannel=Trueを追加 (#3672)
MAINT マイナーなコードスタイルの改善 (#3673)
tifffileプラグインを介してパラメータを渡す (#3675)
DOC 例の未使用のim3d_t (#3677)
Py_ssize_tからintへの誤ったキャストを削除 (#3682)
ビルドツール: Python 3.7を失敗させるが、travisは継続させる (#3683)
ビルドツール: pyproject.tomlを削除 (#3688)
ValueError: unpackするのに十分な値がないエラーを修正 (#3703)
heap.pyxのいくつかの修正 (#3704)
テスト中にfaulthandlerモジュールを有効にする (#3708)
ビルドツール: travisでのPython 3.7ビルドを修正 (#3709)
_upsampled_dftでnp.einsumをnp.tensordotに置き換える (#3710)
NULLポインタの潜在的な使用を修正 (#3717)
潜在的なメモリリークを修正 (#3718)
NULLポインタの潜在的な使用を修正 (#3719)
core_cy.pyxを修正および改善 (#3720)
ビルドツール: masterでXcodeを9.4にダウングレード (#3723)
visual_test.pyを改善 (#3732)
ペイントツールをカラー画像で動作するように更新し、ラベルを適切にスケーリングするように更新。 (#3733)
READMEにimage.scフォーラムバッジを追加 (#3738)
TravisでPyQt 5.12.0をブロック (#3743)
ビルドツール: matplotlib + qt 5.12をアップストリームと同じ方法で修正 (#3744)
ギャラリー: xxまたはyyでソートされたディレクトリ名を削除 (#3761)
convex_hull_imageでf-contiguousな2D配列を許可 (#3762)
ビルドツール: CIを支援するためにastropyの最小要件を1.2に設定 (#3767)
配列を積み重ねる際にNumPyの警告を回避する (#3768)
マイクロアニューリズムにCC0を設定 (#3778)
解釈を容易にするためにLICENSEファイルを統一 (#3791)
Readme: matplotlibからの将来の修正に対する期待を削除 (#3794)
flood()のドキュメント/テストを改善 (#3796)ノイズ除去cythonでssize_tを使用 (#3800)
ドキュメントストリングに存在しないパラメータを削除 (#3803)
draw.polygonドキュメントストリングの例から冗長な点を削除 (#3806)
ウォーターシェッドの自動マーカーがマスクを尊重するようにする (#3809)
このリリースに追加された46人のレビュアー [ファーストネームまたはログイン名でアルファベット順]#
Abhishek Arya
Adrian Roth
Alexandre de Siqueira
Ambrose J Carr
Arthur Imbert
Brian Smith
Christian Rauch
Christoph Gohlke
David Breuer
Egor Panfilov
Emmanuelle Gouillart
Evan Putra Limanto
François Boulogne
François Cokelaer
Gregory R. Lee
Grégory Starck
Guillaume Lemaitre
Ilya Flyamer
jakirkham
Jarrod Millman
Johannes Schönberger
Josh Warner
Jotham Apaloo
Juan Nunez-Iglesias
Justin
Lars Grueter
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Marcel Beining
Mark Harfouche
Matthew Brett
Matthew Rocklin
Matti Picus
mrastgoo
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Tomas Kazmar
Tommy Löfstedt
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